以上诸师所论，皆为全盛期之正统派。此派远发源于顺、康之交，直至光、宣，而流风余韵，虽替未沫，直可谓与前清朝运相终始。而中间乾、嘉、道百余年间，其气象更掩袭一世，实更无他派足与抗颜行。若强求其一焉，则固有在此统一的权威之下而常怀反侧者，即所谓“古文家”者是已。
宋明理学极敝，然后清学兴。清学既兴，治理学者渐不复能成军。其在启蒙期，犹为程、朱、陆、王守残垒者，有孙奇逢、李中孚、刁包、张履祥、张尔岐、陆陇其、陆世仪诸人，皆尚名节厉实行，粹然纯儒，然皆硁硁自守，所学遂不克光大。同时有汤斌、李光地、魏象枢、魏裔介辈，亦治宋学，颇媕娿投时主好以跻通显。时清学壁垒未立，诸大师著述谈说，往往出入汉宋，则亦相忘于道术而已。乾隆之初，惠、戴崛起，汉帜大张，畴昔以宋学鸣者，颇无颜色。时则有方苞者，名位略以斌、光地等，尊宋学，笃谨能躬行，而又好为文。苞，桐城人也，与同里姚范、刘大櫆共学文，诵法曾巩、归有光，造立所谓古文义法，号曰“桐城派”。又好述欧阳修“因文见道”之言，以孔、孟、韩、欧、程、朱以来之道统自任，而与当时所谓汉学者互相轻。范从子鼐，欲从学戴震。震固不好为人师，谢之。震之规古文家也曰：“诸君子之为之也，曰：是道也，非艺也。夫道固有存焉者矣，如诸君子之文，亦恶睹其非艺欤？”（《东原集·与方希原书》）钱大昕亦曰：“方氏所谓古文义法者，特世俗选本之古文，...法且不知，义更何有？...若方氏乃真不读书之甚者，吾兄特以其波澜意度近于古而喜之。...”（《潜研堂集》三十三《与友人书》）由是诸方诸姚颇不平。鼐屡为文诋汉学破碎，而方东树著《汉学商兑》，遍诋阎、胡、惠、戴所学，不遗余力。自是两派始交恶。其后阳湖恽敬、陆继辂自“桐城”受义法而稍变其体；张惠言、李兆洛皆治证学，而亦好为文，与恽、陆同气，号“阳湖派”。戴、段派之考证学，虽披靡一世，然规律太严整，且亦声希味淡，不能悉投众嗜，故诵习两派古文家者卒不衰，然才力薄，罕能张其军者。咸同间，曾国藩善为文而极尊“桐城”，尝为《圣哲画像赞》，至跻姚鼐与周公、孔子并列。国藩功业既焜燿一世，“桐城”亦缘以增重，至今犹有挟之以媚权贵欺流俗者。平心论之，“桐城”开派诸人，本狷洁自好，当“汉学”全盛时而奋然与抗，亦可谓有勇。不能以其末流之堕落归罪于作始。然此派者，以文而论，因袭矫揉，无所取材；以学而论，则奖空疏，阏创获，无益于社会。且其在清代学界，始终未尝占重要位置，今后亦断不复能自存，置之不论焉可耳。
方东树之《汉学商兑》，却为清代一极有价值之书。其书成于嘉庆间，正值正统派炙手可热之时，奋然与抗，亦一种革命事业也。其书为宋学辩护处，固多迂旧，其针砭汉学家处，却多切中其病，就中指斥言“汉易”者之矫诬，及言典章制度之莫衷一是，尤为知言。后此治汉学者颇欲调和汉宋，如阮元著《性命古训》。陈澧著《汉儒通义》，谓汉儒亦言理学，其《东塾读书记》中有《朱子》一卷，谓朱子亦言考证，盖颇受此书之反响云。
在全盛期与蜕分期之间，有一重要人物，曰会稽章学诚。学诚不屑于考证之学，与正统派异。其言“六经皆史”，且极尊刘歆《七略》，与今文家异。然其所著《文史通义》，实为乾嘉后思想解放之源泉。其言“贤智学于圣人，圣人学于百姓”，“集大成者乃周公而非孔子”（《原道篇》）；言“六经皆史，而诸子又皆出于六经”（《易教》、《诗教》、《经解》诸篇）；言“战国以前无著述”（《诗教篇》）；言“古人之言，所以为公，未尝私据为己有”（《言公篇》）；言“古之糟粕，可以为今之精华”（《说林篇》）；言“后人之学胜于前人，乃后起之智虑所应尔”（《朱陆篇》）；言“学术与一时风尚不必求适合”（《感遇篇》）；言“文不能彼此相易，不可舍己之所求以摩古人之形似”（《文理篇》）；言“学贵自成一家，人所能者，我不必以不能为愧”（《博约篇》）。书中创见类此者不可悉数，实为晚清学者开拓心胸，非直史家之杰而已。