敦煌变文集新书的编次，和敦煌变文集颇有不同。新书是根据变文的发展过程，和变文的形式与内容来排列的。早期的变文居前，孳生的变文置后。变文的形式和内容大约可分成两大类：第一类是讲唱佛经和佛家故事的，第二类是讲唱中国历史故事的。第一类又可分成三种：第一种是按照佛经的经文，先作通俗的讲解，再用唱词重复解说一遍；第二种是讲说释迦牟尼太子出家成佛的故事；第三种是讲佛弟子和佛教的故事。后两种还是有说有唱。第二类也可分为三种，但不以故事内容分，而是按形式分的。第一种有说有唱，第二种有说无唱或有唱无说，第三种是对话体。这一分类和分类的排列次序，正好反映了变文的发生、发展和转变为话本的全部过程，我在拙稿「敦煌变文新论」里曾举出这一串发生、发展和转变事实的论证，在此不再多说。王重民等编纂敦煌变文集，以讲唱历史故事的变文领前，以讲唱佛经的变文押后，这便看不出变文发展的先后流变。因此，敦煌变文集新书把讲唱佛经的变文改放在前面；而押座文又是讲经的先声，所以把押座文冠于全书之首。押座文和讲经文中，新加入了列宁格勒藏的一篇押座文和双恩记、维摩碎金、维摩诘经讲经文、十吉祥讲经文四篇讲经变文，以及台北国立中央图书馆藏的一篇盂兰盆经讲经文。此外，又增加了新发现的秋吟一本，和日本龙谷大学藏悉达太子修道因缘一篇。其余各篇的次第，也按性质内容有所调整。至于敦煌变文集卷八所载搜神记与孝子传，虽然不是变文，但却保存了变文的原始材料，故仍旧附录于后。
经过调整编排，新书的次序：第一卷是押座文，凡九篇；第二卷是讲经变文，凡二十三篇；第三卷是讲释迦太子出家成佛故事的变文，凡十二篇。第四卷是讲佛弟子和佛教故事的变文，凡十二篇。第五卷是有说有唱的历史故事变文，凡九篇。第六卷是有说无唱或有唱无说的历史故事变文，凡十篇。第七卷是对话体的变文，凡八篇。尚有百鸟名一篇，颇似杂咏事物的唱辞，缀置在卷末。第八卷附录变文资料，凡二篇。总计敦煌变文集新书八卷，凡八十六篇。计敦煌变文集原录七十八篇，新增者八篇。新书以敦煌变文集为底本，凡增补者，皆加「规案」以示区别。
新书校辑的条例，依敦煌变文集的成规，兹说明如后：
一 文题
１ 凡有原题者依原题，原题前后题不同者依前题，无前题者依内容或他书拟补文题，而以〔 〕括之，并在校记第一条内作说明。
二 底本与校本
１ 凡有两卷以上者，以比较完整、比较清晰之本为底卷、而以他卷校之。底卷在校记内称原卷，别卷以甲乙丙丁……为次，并作为代号。各卷的原编号、题记及书写残缺情况，均记入校记第一条。
２ 迻录底卷原文，凡缺字、误字、及不易认识之字均依原样迻录。
三 校勘体例
１ 由于变文多俗语，而抄写的人又限于学力，所以各本上异文和差别字甚多。因有影印卷子可资考核对照，故不关重要的异文均从省略。而特别着重在缺字、误字、别字及不易认识的文字上面，尽可能扫除这些阅读上的障碍。
２ 凡底本的缺字用□表之，缺若干字即用若干□。若不能确定所缺字数，则用……表之，而在校记内注明约缺若干字。（缺角、残行、空洞、破字有需说明者亦在校内注明之。）
３ 凡缺字能据别本或上下文补足时，所补之字以〔 〕括之。如底本原是脱误，则先作〔□〕，然后注补字于（ ）内。
４ 误字和别字多是因字形或字音相近致误的，凡是校者以意改正的均注于该字之下，而用（ ）括之；据别本校正的，凡可从者注于（ ）内，再于校记中记明所据何本；次要异文不注于（ ）内，只记于校记中。其它最常见的别体字，如「暂」作「蹔」或「□」，「惭」作「□」，「叆叇」作「叆□」，一般可以认识者，则不加注解。
５ 不易认识的字大概是唐末五代的俗体字，而今已不通用，凡经过研究而能确信者，则依误字、别字例用（ ）注于该字之下；不能确信而又可备一说者，则记所疑于校记内。
６ 敦煌写本中有很多的同声通用字，如「犹」与「由」、「如」与「而」、「以」与「已」、「列」与「烈」、「事」、「仕」与「士」、「留」与「流」、「感」、「憨」与「敢」之类，在今日阅读起来，有的地方很容易看出，有的地方不容易看出，凡有需要注解方能明显的地方，亦间采用别字例（ ）注之。
四 标点与分段
１ 散文与韵文分段。韵文分两层排列，散文内应再分段者提行。
２ 基本上采用「标点符号用法」所规定的标点，但有的如破折号，使用极少。
３ 问答词用「 」括之。
４ 〔 〕（ ）两符号，校勘文字时专用之，已在「校勘体例」内说明。