1862年夏天，因为酷暑和疫病，清军的前进步伐受到了阻碍。安徽、浙江和江宁的许多将士因此丧命，病倒的更是不计其数。围攻天京的计划也因此被搁置了。
然而，西北地区的叛乱势力，尤其是捻军，却尤其活跃。于是，李续宜在丁忧期间被朝廷起用，任命为钦差，署理巡抚职，山东、河南、直隶和山西四省必须与其商议军务，决定如何应付太平军和捻军。胜保也被任命为陕西钦差。这个时期任命的钦差不少，说明在朝廷看来，局势已经相当危急。由于处理得当，北方的危局得以缓解。
疫病持续了很长时间。10月，宁国、江宁、湖州和池州都遭其荼毒。将领之中，鲍超和张运兰也不幸罹病。曾国藩觉得未来堪忧，便请求朝廷再派官员前来分担自己的责任，但朝廷没有应允，只说对曾国藩在华中地区取得的成就非常满意。
有情报称，太平军打算利用这次机会，将自己的军队一分为三，侍王将率其中一支军队攻打驻扎在江宁城外雨花台的曾国荃所部。然而实际情况比情报更为严峻。10月13日，忠王亲率军队袭击曾国荃，而鲍超在新河庄被其他将领击败，10月28日，宁国失守。重重危机之下，曾国藩只得上疏朝廷，陈说自己的困境。首先，曾国荃在雨花台连续几次遭到袭击；其次，太平军有可能会从宁国进入江西，威胁他的后方；第三，丹阳的太平军势力可能会扩展到长江一带，长江控制权将受到威胁；第四，据悉捻军可能会从河南经湖北入安徽，并与太平军联手解天京之围。他还上奏说，因为江西地区厘金收入减少，他只得采取权宜之计以保证自己的职责能够履行。所以他请求朝廷派多隆阿驻军安庆北部以守鄂皖边界。
在这样的情况下，曾国藩自己都有些动摇。好在他具备先秦贤哲的品性，所以，他作了一首《三字箴》，以清、慎、勤三字来勉励自己：
清字箴：名利两淡，寡欲清心，一介不苟，鬼伏神钦。
慎字箴：兢兢业业，死而后已，行有不得，反求诸己。
勤字箴：手眼俱到，心力交瘁，困知勉行，夜以继日。
不过曾国藩在奏疏中的担忧并没有成真。丹阳太平军确实试图突围，但被曾国藩的水师和陆军在金柱关联手击退。太平军还是没能进入长江一带。
曾国荃在雨花台遭遇了长达46天的围攻，忠王和城内的其他13位王企图联手将他击垮。他们已经不满足于之前一直使用的老式武器，转而起用了迫击炮，炮弹如雷声一般轰鸣着落到清军的队伍当中。他们还用地雷炸毁了清军的胸墙。尽管如此，曾国荃并没有被击垮，而他的兄长也尽力维持着运粮通道的畅通。
曾国荃遭受围攻的日子里，曾国藩心急如焚。当时程学启借调给了李鸿章，无法抽身前去增援，所以曾国藩甚至同意由白齐文率常胜军去为曾国荃解围。但是出于种种原因，白齐文没能赶到。为了避免湘军溃散、前功尽弃，曾国藩催促曾国荃退往芜湖，因为他觉得胜败可能性相当，大清国已经岌岌可危。但曾国荃还是迎难而上，取得了胜利。双方相持了46天后，总算在11月26日迎来一场血战，死伤数千人，太平军终于被击溃，忠王所部退守长江以北。
参与了这场战斗的将士被赐黄马褂，并获得了其他的嘉奖，曾国藩幼弟曾贞干被赐知府衔，但他没来得及领受他的封赏，因为就在旨意传到的那天，他病逝了。于是朝廷只能赐他死后哀荣，授按察使衔，并对他追赠了谥号。
太平军在雨花台收手后，曾国藩觉得自己兵力已经足够，可派部队前往庐州抵御太平军，打击苗沛霖。苗沛霖原为捻军，有一阵投奔了太平军，后来又背信弃义，将英王交给了朝廷。此后朝廷就开始对他有所怀疑，并开始密切关注他的举动，以防止他叛变。此外，曾国藩还派湘军和安徽的新军前去防守江宁对岸和长江上游地区。太平军在江宁以南的兵力依然很强大。1862年12月27日，他们开始向西扩张，并一度抵达了祁门，但他们最终没守住这座城池。在东南，左宗棠于1863年初克复了严州，李鸿章则收回了常熟。
1863年1月31日，石达开在四川兵败被俘。此前他已在四川流窜了很久，多次击败了清军部队。朝廷派出了约1万人的民兵军队出战，人数几乎与石达开自己的部队相当。石达开不敌官军，退守云南。1863年1月9日，有情报称他带着五六千名护卫出现在松林，此前他一直在云贵地区流窜。官军立刻前往，包围了石达开，最后，石达开受伤被俘，被官军押往成都。在成都，石达开留下他的自述后一个月，他本人和他手下的二千多名部众被朝廷尽数处死。至此，自广西起事时便追随天王的最后一位王也不在了。石达开自天京出走后，多年流离，征途颠沛。但他的名字在同时代的俊杰之中显得尤为突出，关于他的生平事迹和传说也在民间广为传颂。
1863年初，朝廷方面的形势可以说是略有好转。江西、湖北和安徽三省的将领正严防太平军退入华中地区，同时阻止他们北上与捻军汇合。“常胜军”此时已由戈登接管，经过戈登的重新整顿，这支队伍也成了协助江苏地区平叛的重要力量。这时的英法联军实力已稍有减退，但他们也在浙江地区对左宗棠提供援助。他们的作战情况，尤其是“常胜军”的动向，每周都会被汇报给通商口岸的外国官员，这些外国官员听着关于“常胜军”在江苏的捷报，便以为戈登和他的手下在此次战争中担负了最主要的责任。但事实上，坐镇安庆的曾国藩才更是我们不能忘记的角色。他的目光时刻都盯着战场，并尽了一切努力为清军扫清障碍，他的贡献不可磨灭。但多数西方人对曾国藩惨淡经营、排除万难的经历知之甚少，他们只看到了江浙战场的情形，所以在多数西方文献中，曾国藩的功绩都被抹杀了。
1863年3月，曾国藩决定从安庆出发赶往江宁城外，将整个战场巡视一番。但因为太平军依旧虎视眈眈，他此行还是要冒一定风险的。3月17日，曾国藩离开安庆，在芜湖彭玉麟那里作了短暂的停留，并于24日抵达雨花台，29日离开。
此行所见所闻让曾国藩忧喜参半。一方面是让他忧心的事，比如长江沿岸的贫苦村民被迫逃到岛上去避难，许多人死在了那里；江浙地区大片田地荒芜，太平军供应短缺，可能会全体退往江西，如果此事成真，情况将非常危急；安徽和浙江部分已经克复的地区依然遭到太平军侵扰，若情报准确，当地太平军人数可能超过了官军，所以那些地区的居民还不能恢复正常耕作；浦口和其他一些小城镇刚刚失守，李世忠又被太平军击败，此人可能已经叛变，必须革职。
另一方面，希望也同时存在。虽然粮食供给不足会导致太平军撤往内陆地区，但他们的实力也遭到削弱，支撑不了多久；江宁东边和南边的多数战略要地都在朝廷控制之下；尽管遇到了不少挫折和困难，但清军士气依然没有受到影响，曾国藩没有听到任何动摇军心的流言蜚语。
曾国藩巡行期间，部分太平军被驱赶到了江西鄱阳湖区域，另一拨被赶到了徽州和祁门一带。左宗棠分别于3月1日和13日攻克了金华和绍兴，浙江东部其他几个城镇也被收复。左宗棠觉得自己可以分出足够的兵力派往徽州增援。阴历三月，左宗棠被任命为闽浙总督，署理浙江巡抚；后又有上谕擢曾国荃为该省巡抚。鲍超的军队和左宗棠所供部队为徽州城外的清军提供了极大的支援，5月12日，徽州太平军被肃清。
地处浙皖边界的休宁城内也传来了捷报，然而皖北地区战乱又起。太平军降将苗沛霖先前为表诚意，向朝廷出卖了英王，而此时却在寿州再度叛变。曾国藩监视他已经有一段时间了，苗沛霖再次变节后，曾国藩便下令围攻他的兵力较强的地区。虽然清军已经十分谨慎，但捻军还是与太平军接上了头，于5月11日抵达安庆以北的庐州，引起了这个地区的骚乱。
太平军在各地制造事端，这种伎俩像极了忠王和英王坐困安庆时他们所采取的策略。曾国藩觉得这回太平军又在故伎重演，想把他的兵力从江宁引开。与之前一样，他马上意识到边远地区可能情况危急，但他依然没有将军队调走去支援湖北，以免自己的力量削弱，无法全力以赴完成平叛的重任，最后落得满盘皆输。他认为，在这个时候，明智的策略应该是在这些危急地区展开防御，同时拦住太平军，以确保左宗棠攻克富阳，并完成克复杭州的部署，且保证李鸿章攻下昆山，进军苏州。他要让江宁、杭州和苏州三地成鼎足之形，将太平军限制在这个包围圈内，并最终将之击溃。这确实是个良策，但因为缺少兵力，曾国藩的策略并没有很快见效。
然而无论如何，清军在江苏所取得的进展是有目共睹的。5月2日，李鸿章与戈登联手夺取了太仓，为攻下昆山打开了通道。5月31日昆山克复之后，所有兵力便可集中攻打苏州。5月18日，鲍超在其他将领协助下攻克了曾国藩管辖范围之内的六安州，接着便前往寿州，试图解除苗沛霖的包围。行军途中，鲍超将所有尚在皖北流窜的太平军赶了出去，但最后他们还是被捻军给拦住了，来迟一步，1863年7月19日，寿州落入苗沛霖之手。清军又退回了六安州和三河尖。
6月13日，太平军在雨花台的防御被清军攻破。杨载福（此后改名为杨岳斌）和彭玉麟联手攻破下关，7月18日占领长千桥。忠王曾这样描述清军攻入的过程：
雨花台又失，京内惊慌。那时天王差官捧诏召我回京……那时和州又败，江浦失守，官兵纷乱。……自此回来，九帅克我雨花台，营垒扎坚，不能再复，兵又无粮，扎脚不住，自散下苏州、浙江，此举前后失去战士数万余人，因我一人之失锐，而国之危也。[6]
这样的情形下，忠王主张放弃天京，因为这座城池已经注定保不住了。他坦言，曾国荃所部正从东、西、南三个方向往天京逼近，而他并没有摆脱曾国荃的办法。天京城外，清军还截断了他们的粮道。但天王对这个提议极为不满，并对忠王大加责备，说上帝既然已经将这个国家交到了他手中，便一定会保佑圣子到最后。
就在曾国荃缓缓包围天京时，鲍超奉命赶回了宁国。8月16日，江忠义的部队将所有太平军赶出了江西。太平军残兵便沿长江而下，到青阳城外时，他们停下来攻城，该城守将朱品隆坚守38天后，援军赶到，朱品隆立刻发起反攻，重创太平军，使其撤往石埭和太平。
此时苗沛霖依然在皖北顽抗。他控制了淮河，堵截了盐道，军队的部分财政给养受到了影响。因为湖北、湖南和江西的食盐供应全部依赖安徽，但盐道被叛军堵截，所以这几个省份的食盐供应只能暂时由四川、广东和浙江负责。曾国藩是两江总督，自然要让食盐供应恢复正常，以确保财政收入不受影响。而苗沛霖偏偏要与他相抗，他需要出动4支军队才能解决问题，这让他大为恼火，于是便提议将这4支分散的部队统一交给金国琛指挥。12月，苗沛霖终于被击溃，怀远克复。
9月20日，清军与法国军队联手克复富阳，这给了合围策略很大的激励。因为夺取富阳是攻占杭州的关键，所有忠王在说到这次失败的时候有些痛心疾首：
自此之后，金华、龙游、严郡、温、台等处，陆续退守，兵屯富阳。左抚台全军发下，逼到富阳，与我军连敌数月。后请洋兵由水路而来，用炮攻崩富阳城池，连战数十仗，洋兵败，再添洋兵来战，左抚台亦出队交争，是以富阳之失，绍兴之失，萧山之失，伤兵甚多，兵退到余杭屯营落寨，左抚台之兵亦到。两下交争，日日连战，我力据余杭，以坚杭州之防。……左抚台之兵，分水旱而下杭州。[7]
他的战线从余杭延伸到西湖，足有百里。
11月，太平军将领古隆贤在石埭叛变，皖南兵力被削弱，太平军不得不从这个地区撤离。在江苏，常胜军与程学启所部正向天京步步进逼，他们已经攻占了苏州，把忠王逼退到常州与丹阳。侍王李世贤那时正在离天京200里不到的溧阳县，他希望能让自己的堂兄忠王也去溧阳，从此不再为天王效力。
杭州已处在包围中，种种迹象都预示着清军很快就要夺取这座城池了。当年秋天，杭州包围圈渐渐缩小，清军离城墙越来越近。12月18日，城墙终于被炸出缺口，但城内太平军还有些力量，还能拦住清军不让他们从缺口冲进城内。忠王是这样描述这场战争的：
去年十一月之间，九帅放倒南门城墙，此时城内官兵多尚可足食，而各力全，又有城河之隔，九帅之兵不能踊进者，此之来由也。
自此之后，京之事日变一不同。城外九帅之兵，日日逼紧，城内格外惊慌，守营守城，无人可用。凡是城外有文通者，何人扑拾到不报天王处，私开敌人之文者，抄斩全家。
自九帅兵近城边时，天王即早降严诏，阖城不敢违逆，不遵天王旨命，私开敌人之文，通奸引诱，有人报信者，官封王位，知情不报，舆奸同罪，命王次兄学获椿砂剥皮法治，而何人不畏死乎！
虽有严刑苛法，但想背叛天王的大有人在，只是因为怕落入清军之手后被折磨死才没有行动而已。恰好又有几个太平军的王在苏州被处死，叛军官兵心里的恐惧愈演愈烈了。“献城未及三日，被李抚台杀害，是以至今为头子不敢投者，因此之举。”[8]
12月20日，忠王回到天京，向天王解释说眼下太平军已陷入绝境，希望他能同意迁往江西或别处。但天王依旧坚信神灵护佑，对忠王的提议嗤之以鼻。不知是出于忠心，还是因为母亲在天王手上，身边又都是天王的眼线，忠王最终决定留在天王身边。12月23日，太平军发起了一次突围，被曾国荃击退了。浙江与江西东北部的所有重镇都有清军重兵把守。
李鸿章和左宗棠在“鬼兵”（译者注：即外国军队）援助下向太平军施压，苏州以西岌岌可危，太平军逐渐退往江西已是不可避免。李世贤没能让堂兄前来汇合，便于1864年2月14日独自率军穿过宁国前往江西。清军兵力虽能防止他在途中造成破坏，但还不足以挡住他的去路。眼下曾国藩唯一的担忧是，驻守湖州和江浙其他城镇的太平军一旦站不住脚，便有可能突然涌入江西。诸王在苏州被处死一事让叛军相信他们唯一的出路就是分散外逃，到了偏远的地方再汇合。
为求谨慎，席宝田被派往江西，鲍超经过苏州前往湖州，同治帝又令福建、广东、广西、湖北和湖南诸省设法自保。江宁军队没有被调走一兵一卒，5万多名将士行程了约百里的包围圈，城内供给渐渐耗尽，太平军随时有可能发起突围。
忠王发放的供给也耗尽之后，4月1日，太平军派了4000名妇女出城， ；希望她们能从官军那里取得食物。在这样的危急关头，天王竟然还建议饥饿的民众靠吃“甜露”为生。所谓“甜露”，也就是地里自然生长的植物。他的部众都开始对他心生蔑视。忠王在自述中说：“我等朝臣奏云：‘此物不能食得。’天王曰：‘取来做好，朕先食之。’所言如此，众又无法不取其食。我天王在其宫中阔地自寻，将百草之类，制作一团，送出宫来，要合朝依行毋违，降诏饬众遵行，各而备食。”
天京城内的防守力量日益削弱。3月20日，程学启攻下嘉兴，但他本人身负重伤，不久后在苏州去世。3月31日，左宗棠联合法国部队夺回了杭州，城内太平军逃往湖州。虽有清军奋力拦截，但大批太平军还是按计划退到了江西。朝廷立刻往鄱阳湖和九江派了援军，几乎在同时，湖北樊城的捻军和太平军被清军击溃，逃往河南。
太平军撤退到江西后，该省厘金收入立刻受到了影响，湘军的供饷出现了问题。从曾国藩向朝廷求援的奏疏中，我们可以了解到湘军粮饷的主要来源。湖南尽了全力来支援湘军，供给还算正常；这个省份是通过专门机构收取厘金的，一半收入用作军队饷银。当年广东只提供了9万两白银。江苏厘金收入削减到了3万两。四川湖北根本拿不出银子（原先湖北承诺每月提供5万两，湖南2万5千两，四川5万两，江西3万两，另外两个省份数额不定）。眼下的情形让曾国藩非常为难。
5月11日，在常胜军的协助下，清军攻占了常州，常胜军的使命光荣结束。如此一来，丹阳失去了防守，于5月18日被清军夺取。李鸿章与江宁城之间的障碍已全部扫清。江苏太平军残部也逃往江西。当年6月，清军精锐在杨岳斌和鲍超等将领的率领下在江西与太平军开战，主要作战地点在瑞州，以防所有溃退的太平军部队在那里会师。
当年冬天到次年春天，李鸿章和左宗棠战功赫赫，而曾国荃在江宁却未有所获，这让他备受煎熬。其兄长曾国藩的处境也十分堪忧。曾国荃是嫉妒别人的战功，生怕克复江宁城的功劳被其他人抢去；而曾国藩则担心，如果不把李鸿章和左宗棠的兵力调往江宁加速攻城，便会有损他本人和曾氏家族的名声。早在2月初，他就告诉曾国荃，他已把程学启调往江宁，如有必要，李鸿章本人也会前来增援。
情报称江宁城已陷入一片慌乱，但曾国藩的尴尬处境并没有因此而好转。据说天王在自己周围堆满了木柴，一旦天京陷落，他便点火自焚。3月底，曾国藩写信给家里说，攻城之事快要水到渠成了。5月初，另一份情报称城内不少太平军开始削发，杀人放火的事也不干了，因为他们正盘算着逃出去混入百姓之中。曾国藩怕攻城之事再度耽搁会影响他和家族的名誉，又担心曾国荃操之过急，错失进攻良机而弄巧成拙。他写信告诫曾国荃：“自苏杭克复，人人皆望金陵之速克。吾独不期其速，而期其稳，故发信数十次，总戒弟之欲速。盖深知洪逆非诸贼可比，金陵非他城可比也。……吾所虑者，一恐弟求速效而焦灼生病，一恐各营猛攻地道，多损精锐而无以御援贼耳。”他还写信给家中的兄弟说：“常州于初六日克复，丹阳于初八日克复，自是江苏仅余金陵一城未克。沅弟肝病已深，又为之焦灼，余常去信解之。”
随着时间推移，曾国藩的处境越来越艰难，周围议论四起，说只要把李鸿章的部队调过来，攻下江宁便指日可待。朝廷也命令曾国藩尽快调兵。当年早些时候，曾国藩也确实让李鸿章往江宁派过部分兵力，这回他要求李鸿章率全军前往。曾国荃有些不情不愿，但曾国藩要他一定得妥善处理此事，与他一起请李鸿章前来增援。6月15日，曾国藩告诉其弟，他已写信给李鸿章。如果他能赶来，那么江宁一旦克复，功劳就要平分；如果攻打失败，责任也要共担。他也给家乡的弟弟写了信，传达了同样的意思，并补充说，虽然曾国荃比自己年轻十岁，但头发也已半白；他自己的身体一日不如一日，如此看来，他们兄弟二人都不像是会长寿的样子。最后他终于说动曾国荃和他一起请李鸿章，并赞扬曾国荃道：“少荃（译者注：李鸿章，号少荃）意在助吾兄弟成功，而不敢直言，其意可敬。弟复信盼他早来，甚是甚是。戈登今日来此鬯谈，亦甚服弟之营垒坚固、号令严肃……”
李鸿章毕竟人情练达，能体会到身在安庆的曾国藩的难处，于是他找了个明显的借口，说要去浙江增援，恳请暂不赶赴江宁。实际上左宗棠在浙江根本不需要援手。对于李鸿章的这一决定，曾国藩欣然接受，这样一来他也算是“保住了颜面”。7月13日，他在信中说：“少荃信阅过，其片稿则已抄寄余处矣。现少荃屡次奏咨信函，似始终不欲来攻金陵。若深知弟军之千辛万苦，不欲分此垂成之功者。诚能如此存心，则过人远矣。”李鸿章不来增援，也许背后原因一言难尽，但他的这一决定终归让曾国荃因克复叛军都城而功成名就，他为人处世方圆有道，也让曾国藩欠了他一个人情。或许他是为了报答曾国藩先前对他的提携，否则他不可能这么快就升任巡抚；又或许他是出于谨慎，不想开罪于位高权重的曾氏弟兄和整个湘军部队，毕竟他是安徽人，湘军多少还是会把他当外人。
曾氏弟兄的权势确实越来越大，他们自己也意识到了。5月1日，曾国藩写信给曾国荃道：“余昨日具疏告病，一则以用事太久，恐中外疑我兵权太重，利权太大，不能不缩手以释群疑。一则金陵幸克，兄弟皆当引退……”
如果李鸿章确实是由于不想因克复江宁一事引起不快而没有前去增援，那么他的态度便并无任何不忠的表现，曾国藩的求援他也并未忽视，至少在饷银上给予了支持。他拿出了23万8千两白银来填补湘军的巨额开支，其中5万两给了江西的鲍超，4万两用来给安庆提供粮食补给，另外13万两都送去了江宁。即便如此，湘军的补给还是不足。
1864年7月3日，清军攻占了龙脖子山，给曾国荃创造了埋设地雷的条件，而不用去管城内守军的抵抗。7月19日，地雷埋设完毕。城墙被炸出几近200尺的缺口，官军从缺口涌入城内，很快便将城内宫墙团团围住。当天晚上，天京便失守了。传信的人每天奔走700余里，火速将捷报递到了京师。
清军对太平军的追杀持续了整整三天三夜，10万人死于屠刀之下。忠王与天王兄长洪仁达逃往江西未成，被清军俘虏。天王本人他们是抓不到了，6月1日，洪秀全见大势已去，便自尽了。为了不引起城内百姓骚乱，天王自尽的消息一直没有泄露出去，他的遗体葬在深宫，其子洪福瑱继位成为天王。
幼天王曾一度摆脱过清军追捕。天京失陷时，他跨上一匹劣马出逃，后来忠王把自己的好马换给了他，他才得以逃出城外，而忠王却不幸被捕。忠王在自述中说：“主又幼小，提政无决断之才人。”“我由太平门败转，直到朝门，幼主已先走到朝门，及天王两个小子并到，向前问计。斯时我亦无法处，独带幼主一人，其余不能提理。幼主又无马坐，将我战骑交与其坐，我骑不力之骑……虽天王气满蒙尘，误国失邦，我受过其恩，不得不忠，尽心而救天王这点骨血，是尽我愚忠而为。”幼天王一行尝试了一两次，后终于一天清晨突围，越过了清军的包围，但清军穷追不舍，幼天王与其他人走散了，忠王最后也没能知道他舍命相救的幼主结局究竟如何。
7月28日，曾国藩抵达江宁，详细询问了城内的状况。忠王李秀成和天王兄长洪仁达被带到曾氏弟兄和其他将领面前。虽然同治帝下令要将这两人押解进京，但曾国藩还是将他们就地处决了。《忠王自述》就是在这个时期完成的，其译本经修改后出版。自述原文中有一些对湘军的溢美之词，还有以太平军大部投降朝廷为条件免去忠王一死的提议，以及忠王对太平天国大业败落原因的剖判，这些内容在英译本中都被删除了。
△清军围攻太平军。
曾国藩发现城内并无外界盛传的窖藏财宝，很是失望。经审问后才知道，所谓的“圣库”，不过是用于储藏天王私产的库房而已。即便真有财产珍宝，肯定也已经被太平军带走了。曾国荃想下令让手下上缴从太平军官兵处和城内百姓处缴获的战利品，但曾国藩不同意，说：“勇丁所得贼赃，多寡不齐，按名勒缴，弱者刑求而不得，强者抗令而遁逃，所抵之饷无几，徒损政体而失士心。”随即下令，只需上缴太平军埋藏在地下的财物。
事后，曾国荃被封为一等伯爵，赐双眼花翎。杨岳斌官拜陕甘总督，受封男爵、太子少保。彭玉麟受到同等封赏。鲍超受封男爵。其他有功的将领也得到了封赏。李鸿章封一等伯爵，赐双眼花翎。对于曾国藩，同治帝下谕令道：
钦差大臣协办大学士两江总督曾国藩，自咸丰三年在湖南首倡团练，创立舟师，与塔齐布、罗泽南等，屡建殊功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全郡，东征以来，由宿松克潜山太湖，进驻祁门，叠复徽州郡县，遂拔安庆省城，以为根本，分檄水陆将士，规复下游州郡。兹幸大功告蒇，逆首诛锄，实由该大臣筹策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜。曾国藩著赏加太子太保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。
江宁克复，太平天国将领们已经到了穷途末路的地步。但幸存的诸王和将领还是在别处会合了，特别是浙赣两省；而鄂皖边界又遭到了捻军和太平军残部的骚扰。8月7日，鲍超率部在抚州的许湾击败太平军，折损对方兵力4万余人。接下来的几天，清军又攻克了几个州府，大批太平军投降。剩下的太平军走投无路，便向江西南部边界逃窜，赣南州府及邻省福建、广东都加强了防御。
8月28日，左宗棠在李鸿章和法国军队的援助下夺取了浙江最后一个被太平军占领的要地湖州。29日，安吉县克复，浙江全省平靖。
幼天王在忠王掩护下逃出天京后，于8月8日抵达安徽广德，太平军残部盛情相迎。8月30日，广德又被清军攻陷，幼天王只好逃入宁国的深山之中。9月1日，太平军从湖州、广德逃到了皖南的徽州，却在那里遭遇了清军将领刘松山，败在了他手下。9月3日，又有太平军部队在昌化和淳安被左宗棠击败；一个月之内，接连几支军队都没有逃过覆灭的命运。包括幼天王在内的残兵在广信府遭遇浙赣两省清军的联合攻打，再度被击溃。幼天王逃离战场，席宝田紧追其后。10月25日，幼天王被俘，押往南昌处决。10月底，江西所有太平军都被赶到了福建和广东境内。
至此，太平天国运动可以说已经被镇压下去了。此后确实还有一些太平军残党在广东和福建有所动作，他们占领了嘉应州，与福建同党联络，继续他们抢掠的营生，骚扰汀州和漳州。左宗棠只得返回浙江处州，并派兵进入福建镇压。很显然，这些太平军听命于侍王李世贤。1865年初，左宗棠亲自率军前往，并于5月25日攻克漳州。侍王侥幸逃脱，窜入山中，后又再度现身，最终自杀身亡。先前提到的白齐文便是在去投效侍王的途中被拘捕的。
漳州胜利后不久，清军又打了一场胜仗，彻底打败了福建的太平军。在两广边界活动的太平军彻底越过边界，逃到了广东。