珀耳修斯是宙斯的儿子，出生后，他的外祖父阿克里西俄斯，即亚各斯国王，将珀耳修斯和他的母亲达那厄装在一只箱子里，投入大海。因为一种神谕告诉国王：他的外孙将会夺取他的王位并谋害他的生命。宙斯保佑着在大海中漂流的母子，引导这只箱子穿过风浪，最后箱子一直漂到塞里福斯岛，靠近了海岸。岛上有两位兄弟，狄克堤斯和波吕得克忒斯，他们统治着塞里福斯岛。狄克堤斯正在海边捕鱼，他看到水里漂来一只木箱，就连忙把它拉上海岸。回到家中，兄弟二人对遭遗弃的落难人十分同情，便收留了他们。波吕得克忒斯娶达那厄为妻，并悉心地抚育珀耳修斯。
珀耳修斯长大成人后，他的继父波吕得克忒斯劝他外出去冒险，并希望他能够建功立业。勇敢的小伙子雄心勃勃，决心砍下女妖墨杜萨那颗丑恶的脑袋，把它带到塞里福斯，交给国王。
珀耳修斯整理完行装就上路了。诸神引导他一直来到了远方，那是可怕的众怪之父福耳库斯居住的地方。珀耳修斯在那里遇到了福耳库斯的三个女儿：格赖埃。她们生下来就是满头白发，三个人只有一只眼睛，一颗牙齿，彼此轮流使用。珀耳修斯夺走了她们的牙齿和眼睛。她们要求归还她们这些不可缺少的东西。他提出一个条件，要她们指明到仙女那儿去的道路。这些仙女都会魔法，有几样宝物：一双飞鞋，一只神袋，一顶狗皮盔。无论谁，有了这些东西，就可以随心所欲地自由飞翔，看到愿意看到的人，而别人却看不见他。福耳库斯的女儿们给珀耳修斯指路，并且讨回了自己的眼睛和牙齿。
到了仙女那里，珀耳修斯得到了三件宝贝。他背上神袋，穿上飞鞋，戴上狗皮盔。此外，他又从赫耳墨斯那里得到一副青铜盾。他用这些神物把自己武装起来，向大海那边飞了过去。那里住着福耳库斯的另外三位女儿，即戈耳工。在三个女儿中小女儿墨杜萨是凡胎，珀耳修斯就是奉命来取她的脑袋的。珀耳修斯发现戈耳工们正睡觉。她们的头上布满了鳞甲，没有头发，头上盘着一条条毒蛇。她们长着公猪的獠牙，她们有双铁手，还有金翅膀，任何人看到她们都会立即变成石头。珀耳修斯知道这个秘密。他背过脸去，不看熟睡中的女人，然后用光亮的盾牌作镜子，清楚地看出她们的三个头像，并认出了谁是墨杜萨。雅典娜又指点他怎样动手，所以他顺利地割下了女妖的头。
珀耳修斯还没有收起刀，突然从女妖身躯里跳出一匹双翼的飞马珀伽索斯，后面又紧跟着一位巨人克律萨俄耳，他们都是波塞冬的后代。珀耳修斯小心地把墨杜萨的头颅塞在背上的神袋里，离开了那里。这时候，墨杜萨的姐姐们从床上坐了起来。她们看见了被杀死的妹妹的尸体，便立刻展开翅膀，飞到空中追赶凶手。可是珀耳修斯戴着仙女的狗皮盔，躲过了跟踪和追捕。不过他在空中也遇到了狂风袭击，被吹得左右摇晃。当他摇摆着经过利比亚沙漠时，从墨杜萨的脑袋上滴下的点点鲜血，一直落到地上，变成了各种颜色的毒蛇，世界上许多地方从此以后就有了危险的蛇类。
珀耳修斯继续向西飞行，最后在国王阿特拉斯的国土上降落下来，想休息一会儿。这里有一片丛林，树上结着金果，旁边守卫着一条巨龙。珀耳修斯请求让他在这儿住一夜，但没有得到允许。因为阿特拉斯担心他的金果被盗，所以狠心地把珀耳修斯逐出了宫殿。珀耳修斯十分愤怒，当场从神袋中掏出墨杜萨的头颅，自己却背过身子，把头颅向国王递了过去。国王身材高大，如同一位巨人。他看到墨杜萨的头后立即变作一块巨石，简直像一座大山，他的胡须和头发变成了广阔的森林，肩膀、手臂和大腿变成了山脊，头颅变成高高的山峰。
珀耳修斯重新系上飞鞋，戴上头盔，背上神袋飞上高空。他一路飞行，来到埃塞俄比亚的海岸边，这是国王刻甫斯治理的地方。珀耳修斯看到耸立在大海之中的山岩上捆绑着一个年轻的姑娘。海风吹乱了她的头发，姑娘泪流不止。珀耳修斯为她的年轻美貌所动心，便跟她打起招呼。“你为什么捆绑在这里？你叫什么名字，家住哪里？”
姑娘反背着双手，起初沉默不语，害怕同一个陌生人说话。假如她能动弹，真想用双手蒙住脸。为了不使陌生人造成错觉，以为她真的做了什么见不得人的事，所以她噙着眼泪，回答说：“我叫安德洛墨达，是埃塞俄比亚国王刻甫斯的女儿。我的母亲曾吹嘘，说我比海神涅柔斯的女儿，即海洋的女仙们更漂亮。海洋女仙们十分愤怒。她们共有姐妹五十人，一起请海神发大水淹没了整个国家。海神还派了一个妖怪，吞没了陆上的一切。神谕宣示：如果想使国家得到解救，必须把我，国王的女儿丢给妖怪喂食。国民顿时闹得沸沸扬扬，纷纷要求我的父亲献出女儿，拯救全国。绝望之余，国王只好下令将我锁在这里。”
姑娘的话刚刚讲完，滔天的海浪滚滚而来。海水中冒出了一个妖怪，宽宽的胸膛盖住了整个水面。姑娘一见，吓得发出一声尖叫，她的父母亲也赶紧走来。他们看到女儿大祸临头，万分绝望，母亲因内疚流露出痛苦的神情。他们紧紧地抱着捆绑着的女儿，却无能为力，救不了女儿。
这时珀耳修斯说：“你们要哭，将来有的是时间；眼下，当务之急是救人。我叫珀耳修斯，是宙斯和达那厄的儿子。我战胜了墨杜萨。神的翅膀让我飞越高空。姑娘如果是自由的，并愿意挑选配偶的话，她一定会首先看中我。但像她现在这个样子，我却要向她正式求婚，并愿意前去搭救她。你们愿意接受我的条件吗？”父母庆幸遇到了救星，连连点头，不仅答应把女儿许配给他，还答应把王国送给他作为嫁妆。
说话间妖怪已经游了过来，只有一箭之地了。年轻人见状便用脚往上一蹬，腾空而起。妖怪看到他在海面上投下的身影，便狂怒地向影子追去，像是意识到有人要抢走它的猎物似的。珀耳修斯犹如一只矫健的雄鹰，从空中猛扑下来。他用杀死墨杜萨的利剑狠狠地刺进妖怪的背部，只有剑柄露在外面。他把剑拔出来，妖怪疼得蹿到空中，然后又沉入水底，疯狂地挣扎着。珀耳修斯一再朝它身上刺杀，直到它的口中涌出了黑血。这时，它的翅膀也沾湿了，他不敢在空中久留。恰好水面上露出一块礁石，他便扇动翅膀轻轻地落在岩壁上，然后又用剑在妖怪的肚子里搅动了三四次。海浪飘走了它的尸体，不久它就从海面消失了。珀耳修斯飞到岸边，登上山顶，解开姑娘的锁链，把她交给不幸的父母亲。他受到隆重的款待，成了宫廷里的贵客佳婿。
正当婚礼在欢乐地举行时，王宫的前厅里突然骚动起来，并传来一声沉闷的吼声。原来国王刻甫斯的弟弟菲纽斯带了一批武士闯了进来。他从前曾经追求过安德洛墨达，在她危难时却舍弃了她。现在他来重申自己的要求。菲纽斯挥舞着长矛闯进婚礼大厅，并朝着惊讶的珀耳修斯大声叫喊：“我在这里，你抢走了我的未婚妻，我要报仇。无论你的宝物或者你的父亲宙斯都无法保护你！”说着，他摆开架势，准备把长矛扔过来。
刻甫斯从席间站起来。“你疯了！”他喝斥道，“不是珀耳修斯抢去了你的未婚妻。当我们被迫牺牲她时，你看着她被绑在那里，你为什么不亲自去救她，却袖手旁观呢？”
菲纽斯回答不出，他死死盯住他的兄弟和情敌，好像在思考先从哪一个下手。终于，他在疯狂中用尽全力，朝珀耳修斯掷出他的矛。可是他的眼力不好，长矛一下子扎进垫子里。珀耳修斯乘机跳了起来，朝门口投出他的标枪，标枪直朝菲纽斯飞去。要不是菲纽斯蹦跳到祭坛后面，标枪肯定会穿透他的胸脯。虽然菲纽斯躲过了，但他的一名随从却被刺中了前额，这下武士们全拥了上来，和参加婚礼的客人打成了一团。闯进来武士人多势盛，把珀耳修斯国王夫妇和新婚妻子团团围住。箭如飞蝗，从各个方向射过来。珀耳修斯背靠一根大柱，招架敌人，奋力阻止他们前进，杀死了一个又一个进犯的敌人。后来，他看到自己单凭勇力已经不起作用，于是决定拿出最后的一招。“我也是被逼得没有办法了，”他说，“我只好叫过去的仇敌帮助我了。请我的朋友都转过脸去！”说完，他从神袋里取出墨杜萨的头，朝着逼近的对手伸了过去。对手正盲目地向着这里冲过来。“让你的魔法去吓唬别人吧，”他一边冲，一边蔑视地大喊，“他们才会被你的鬼话吓倒。”可是，他刚举手投矛时，手却举在空中僵硬住了。后面的人也一个个难逃变成石头的厄运。这时候，珀耳修斯干脆把墨杜萨的首级高高地举起，让别的人都能立即看见。他用这种办法把最后的一批人变成了僵硬的石块。直到这时，菲纽斯才后悔不该这样无理取闹，挑起事端。他看着左右两面姿态不同的石像，呼喊着朋友们的名字，但没有一个回答。他不相信似地用手触摸他们的躯体，然而他们都已变成了花岗岩。他惊恐万分，一改往日的骄横，绝望地哀求着：“饶我的命吧！王国和新妇都给你！”说完他转过身子。可是珀耳修斯不想宽恕他。“你这个贼徒，”他怒骂道，“我将在岳父的宫殿里为你永远树立一座纪念碑！”
菲纽斯左躲右闪，不想看到那可怕的头颅，可是它终于没有躲过。顿时，菲纽斯神色恐怖地变成了石头，站在那里，双手下垂，完全是一副卑贱的奴仆模样。
珀耳修斯终于能够带着年轻的妻子安德洛墨达回乡了。长久幸福的日子在等待着他。他还找到了母亲达那厄。但他仍不能避免给外祖父阿克里西俄斯带来灾难。外祖父由于害怕神谕，悄悄地逃亡外地，到了彼拉斯齐国王那儿。当时，这里正在举行比武。他不知道外祖父就在这里，还准备去亚各斯问候外祖父。珀耳修斯看到比武十分高兴，他抓过一块铁饼扔出去，不幸正好打中了外祖父。不久，他就知道了他所杀害的人是谁。他深深哀痛死者，把他安葬在城外，并且交换了他所继承的王国。从此以后命运之神再也不妒嫉他了。安德洛墨达给他生了一群可爱的儿子，他们一直保持住父亲的荣誉。