康熙十三年（1674年），费扬古在三藩之乱中跟从安亲王岳乐率兵到江西围剿吴三桂叛军。击败了吴三桂的大将黄乃忠、夏国相、吴国贵等人的进犯。

　　康熙帝亲自噶尔丹的时候他也立下了很大的战功。康熙二十九年（1690年），清廷命费扬古前去科尔沁征兵，参赞军事。同年秋在乌兰布通击败噶尔丹。康熙三十二年（1693年），费扬古被授为安北将军驻守归化城。康熙在三十五年（1695年）二月，康熙帝再次御驾亲征。费扬古统率西路军，越过沙漠，于翁金河（今蒙古国德勒格尔杭盖西）会师，尔后北上；康熙帝玄烨亲率中路军3.4万出独石口（今河北赤城北）。三路大军约期于克鲁伦河一带歼灭准噶尔军。

　　五月初，中路军先抵克鲁伦河，逼近准噶尔军。噶尔丹遥望清军势众，遂弃庐帐、器械，乘夜西撤。康熙帝即命马思喀为平北大将军，坐镇巴颜乌兰地区；令费扬古西路军截准噶尔军退路，设伏袭击；命内大臣明珠尽运中路军之粮以济西师。旋自率前锋追击三日，至拖诺山（巴颜乌兰东）而返。准噶尔军退至特勒尔济（今乌兰巴托东南）时，仅剩万余人。

　　五月十三，清军西路进抵昭莫多，距特勒尔济30里扎营。费扬古以逸待劳，将东阵兵陈于山上，一部沿土拉河布防于西，骑兵主力隐蔽于树林中，以孙思克率绿营兵居中，旋派400精骑至准噶尔军营地挑战，诱其入伏。噶尔丹果然将万余骑全部出击，追至昭莫多，即向清军阵地猛扑。清军居高临下，依险俯击，弩铳迭发，藤牌兵继之，每进则以拒马木列前自固。准噶尔军初战受挫，乃下马力攻，冒矢铳鏖战，伤亡甚众，仍不退兵。费扬古见其后阵不动，知为妇女和驼畜所在，即令一部迂回横冲，一部袭其后阵，准噶尔军顿时大乱。扼守山顶的清军乘势奋击，上下夹攻，斩杀3000余，俘获数百人。噶尔丹妻阿奴可敦率队冲锋，战死。噶尔丹仅引数十骑西遁，余部逃散。

　　从讨三藩

　　顺治二年（1645年），费扬古出生，他是顺治帝孝献端敬皇后的弟弟，其父为内大臣三等伯鄂硕。满洲正白旗人，状貌异常魁梧。顺治十四年（1657年），十四岁的费扬古承袭了父亲的爵位。 

　　康熙十三年（1674年），三藩之乱爆发，费扬古跟从安亲王岳乐率兵到江西围剿吴三桂的叛军。吴三桂的大将黄乃忠纠合了一万多叛军自湖南长沙进犯袁州，费扬古与副都统沃赫、总兵赵应奎击溃了黄乃忠的进犯，继而攻克万载。

　　康熙十五年（1676年），于萍乡击败了吴三桂的女婿夏国相，夏国相败走，费扬古进围长沙，连战连捷。康熙十八年（1679年），费扬古又于武冈击败了吴国贵。大军还京之后，他被提升为领侍卫内大臣，位列议政大臣。 

　　古防卫西北

　　康熙二十六年（1687年）以伊犁为统治中心的漠西蒙古中实力最为雄厚的一支准噶尔部，在首领噶尔丹率领下挥师东进，并于康熙二十七年（1688年）五月越过杭爱山大举进攻漠北的土谢图部，又乘胜渡过土拉河侵入车臣部牧地，漠北各部纷纷南奔，请求归附清朝。如果清廷不接受漠北各部（又称喀尔喀各部）内附，他们必然被准噶尔部所吞并，将成为清王朝北部的巨大威胁；如果允许喀尔喀各部内附，噶尔丹就可能以追击为名而内犯。尽管情况如此严峻，但康熙帝绝不会错过臣服漠北各部的天赐良机。

　　康熙二十九年（1690年），清廷授裕亲王福全为抚远大将军，率军西征噶尔丹，命费扬古前去科尔沁征兵，参赞军事。同年秋，在乌兰布通之战中击败了噶尔丹。康熙三十二年（1693年），归化城增加戍兵，以费扬古为安北将军驻守归化城。康熙三十三年（1694年），噶尔丹遣使来朝，请求入贡。费扬古发兵出迎并一路护送他们，侦查他们男女人数一共一千五百多人，把他们留在了归化城。上书康熙帝之后，康熙察觉到噶尔丹居心叵测表面上是为与朝廷修好，实际上是派人到内地窥探虚实，命侍郎满丕下谕谴责噶尔丹的使臣，把他们遣还。七月，听闻噶尔丹将窥探图拉，清廷命费扬古与右卫将军希福一起率军前去抵御。希福请求增加派兵，康熙帝责其有恐惧沮丧之心，让他不要去了。很快报告图拉没有遭到入侵，考虑到噶尔丹将要进攻归化城，康熙召费扬古回师。 

　　康熙三十四年（1695年），噶尔丹到了哈密，费扬古前去防御，噶尔丹自图拉河向西窜去。费扬古很快被授右卫将军，仍兼管理归化城的军事。下诏授费扬古为抚远大将军，以都统伊勒慎，护军统领、宗室费扬武，瓦尔达，副都统硕岱，将军舒恕参赞军事。不久康熙召费扬古入宫授予他讨贼方略。

　　古北上破敌

　　为了解决噶尔丹对内蒙古的军事威胁，康熙在三十五年（1695年）二月，康熙帝再次御驾亲征。此次亲征兵分三路，东路由萨布素负责，率领数千军队驻守蒙古东部，防止噶尔丹向东逃窜；被任命为抚远大将军的费扬古是西路统帅，西路是此次征战的主力，兵力四万六千有余；中路由康熙帝亲自率领，兵力约三万三千。 

　　按照事先的部署，中路军在四月初一从北京出发，而西路军在三月份分别从宁夏、归化出发，五月底中路和西路在土拉河以北会师。西路军在行进途中因天气恶劣影响了进度，为了避免不能按期到达使得康熙帝率领的中路军独自承受巨大的压力，费扬古亲自率领一万四千精锐日夜兼程，而当康熙抵达克鲁伦河以南时，北岸已无一帐，噶尔丹早已拔营撤退了。噶尔丹在向西逃窜的途中丢弃了老弱辎重，在经过五昼夜的狂奔后抵达位于库伦（今乌兰巴托）的昭莫多（蒙语：大树），但却被费扬古所率领的西路军迎头予以阻击。费扬古在昭莫多同噶尔丹展开激战，噶尔丹的主力全部被歼灭。 

　　噶尔丹在天山以北的故地已经被他兄长僧格的儿子策妄阿拉布坦所占有，进退失据。由于噶尔丹拒绝康熙的招抚，费扬古在康熙三十六年（1696年）二月又参加了第三次对噶尔丹的战争，但双方还未来得及交战，噶尔丹就在这一年闰三月十三日自杀。费扬古因在平定噶尔丹战争中的杰出贡献，被封为一等公爵。当第三次讨伐噶尔丹的战事结束后，费扬古奉命调离，当他从该城开拔时，归化的商人、百姓纷纷给他送行，不久为他修祠立像，以纪念他在抗击噶尔丹、戍边卫民及绥靖地方的过程中所立下的功绩。

　　古功成而逝

　　康熙三十六年（1696年）六月，费扬古有了病，康熙帝下诏昭武将军马思喀代他领军。费扬古归还京师，仍领侍卫内大臣，进一等公，但是他仍以未能生擒噶尔丹为理由上书请辞，康熙帝不准，因谕曰：“以前朕想要亲征噶尔丹，众臣都上谏阻止，惟费扬古与朕的意思相合，于是朕统兵西进。西征的道路非常遥远，水草困乏，费扬古全无顾虑，直抵昭莫多，将狡猾顽固的敌军大败。他多年统兵驭将，没有能比得上他的。”又说：“多次出征，才知道作为一个将领是多么困难。费扬古为将精心策划调遣，使得缓急得宜，才最终成功。” 

　　康熙四十年（1701年），费扬古跟从康熙帝出巡索约勒济，半路中疾病发作。康熙帝为此驻跸一日，亲自去看望他的病情，赐给他御帐、蟒缎、鞍马等物，并从内帑里出银五千两赠给他，派遣大臣护送他回到京师。回到北京之后不久就病逝了，清廷赐予祭葬，谥号襄壮。以他的儿子辰泰承袭一等候、兼拖沙喇哈番。