1855年的下半年是太平军战绩最辉煌的时期，然而将领们的同室操戈也在这一时期达到了登峰造极的地步，将太平天国推到了极其危险的境地。东王、北王在内讧中被杀；石达开率部出走，此后多年征途颠沛，一度转战到西藏边界；太平天国已注定无法摆脱覆灭的命运。
太平军方面战势确实大好，长江中游所有战略要地都掌握在他们手中。北伐军虽然全军覆没，但西征部队牢牢控制住了九江和湖口，同时派出大批人马，经安徽向长江上游进发，攻入江西。曾国藩手下的兵力实在有限，即使加上刚招募的新军也难与太平军抗衡。然而就在1856年，由于东王杨秀清极尽专横跋扈之能，终于触发了诸王之间长久以来的积怨。杨秀清常假托“天父下凡”传令，后来又自封劝慰师和圣灵。他的野心不断膨胀，利用神灵附体的伪装成为天京的实际领袖，凌驾于诸王之上，甚至企图控制天王，其篡位之心已昭然若揭。“他要逼天王封其万岁。那时权柄皆在东王一人手上，不得不封。北、翼两王不服，密议杀东王一人及其兄弟三人，除此以外，俱不得多杀。”[3]
详述太平天国萧墙之祸前，我们先来了解一下当时朝廷方面的战况。1856年初，曾国藩集中兵力攻打武昌，在外围小胜了几局。但是在这次攻城战中，曾国藩手下仅次于塔齐布的优秀将领罗泽南在武昌城下身受重伤，4月12日不治身亡。朝廷念其生前功勋，追赠罗泽南巡抚衔。当年年底，经过一整年的围攻，被太平军占领了18个月之久的武昌终于被清军克复。所有运粮通道都被朝廷封锁后，太平军才突破城门向城外逃窜。这虽不是什么大规模的胜利，但它具有非常重要的意义。
同年6月，清军遭受了太平天国运动爆发以来最为沉重的打击。朝廷派出一支军队，从江南大营出发，前往镇江救援。东王趁机命李秀成率军攻打江南大营。这次太平军几乎调集了所有可调集的兵力，出手就是一次重击，清军防线被切断，大军败走丹阳，钦差向荣自杀谢罪，继任和春只得收拾残兵，在新的营地重新修整。和春认为，这次惨败过后，清军必须重振士气，不能坐以待毙，于是在太平军降将张国梁的协助下指挥部队前去攻打安徽和江西。
太平军在安徽的大营设在三河，朝廷的基地则在庐州。和春决定亲自上阵指挥，给太平军致命的一击。9月17日，清军发起进攻，大获全胜，折损太平军兵力5000余人，不少太平军溺水而亡。太平军的另一个基地巢县负担着天京的补给，有重兵把守。9月27日，巢县太平军投降，大量物资落入朝廷手中。但克复整个安徽省还是任重道远，太平军坚守安庆，经制军中只有一小部分兵力可以在为数不多的几个地点对他们发动攻击。然而尽管如此，清军取得的这几次胜利还是具有非常重大的意义，这说明他们的战斗力已经加强了，军中已经出现了一批能应付真枪实弹的官兵。
就在当年早些时候太平军获胜后，尤其是6月打败清军之后，太平天国终于祸起萧墙，天京诸王之间的种种积怨爆发了。杨秀清被反对他的人联手杀死，他的家人部众也未能幸免。然而杨秀清的死并没有终结诸王之间的钩心斗角，北王韦昌辉步他后尘，并陷入了对翼王石达开的疯狂猜忌，最后石达开被迫出走，前往宁国。翼王走后，韦昌辉杀害了他留在天京的家眷。随后，韦昌辉开始了惨无人道的屠杀，多少男男女女、老老少少惨死在他的屠刀之下，逼得天京军民奋起反抗。韦昌辉最终被处死，他的首级被送往身在宁国的石达开处。韦昌辉死后，石达开奉诏回到天京，天王对他许以高位，但石达开很快看出，洪秀全想通过自己的两个兄长牵制他。天王的这两位兄长既不懂行军打仗，又不通治国方略，他们和封了神的洪秀全一样，只知道上帝会永远站在他们这边。石达开是个有勇有谋的领袖，可惜他的所有决策全都被洪秀全的两位兄长一一推翻了。为躲避猜忌，石达开只得再度离开天京，去别处继续筹谋太平天国的大业。
石达开一走，太平天国尚有些领导才能的人只剩两个了，一个是陈玉成，即后来的英王，另一个就是李秀成，即后来的忠王，这两个人也是太平天国后期唯一的支柱。李秀成是在广西加入太平军的，当时不过是一个无名小卒。1854年，李秀成随石达开征战安徽，1856年攻打江南大营，大败向荣部队时，他是主将之一。此后李秀成奉命主理安徽事务，不久之后便封了忠王。后来与戈登的洋枪队正面相抗的也正是他的部队。李秀成处事冷静，直到最后都尽忠尽节，对天王从来都直言敢谏。在他看来，太平天国运动失败的主要原因在洪仁玕，认为1859年洪仁玕从香港前来内地加入太平军之后，天王就一直被其控制，听不进其他人的劝谏；次要原因则在于天王过于依赖神灵庇佑。
1856年的这场萧墙之祸让太平天国大受打击，如果清军能抓住这个机会趁乱出手，那么双方的争斗早就能结束了。只可惜天京内讧爆发时，却也正是江南大营受到重创、清军士气最为低迷的时候，而此时曾国藩又偏偏被困在千里之外的南昌。也难怪忠王回忆起这段生死攸关的经历时，也只能相信太平天国是得了神灵护佑，让清军损兵折将在前，天京生变在后，若两者顺序颠倒一下，那么朝廷一定胜券在握，太平天国一定转眼就灰飞烟灭了。
杀东王，即此时之间。此是天意，若向帅未败，仍扎孝陵卫，遇内乱之时，那时乘乱，京城久不能保矣。逢向帅败过而乱，此是天之所排，不由人之所算。在六年之间乱起。此时杀东王之后，又杀北王。杀北王之后，安福王又逼翼王他逃。[4]
不过忠王认为，天京之变爆发之时，朝廷还有一条路可走，即从那些容易动摇的将领下手，有条件地招抚，因为当时天京已乱作一团，诸王各自为政，天王对谁都不放心，只信任自己的直系亲属。
那时各有散意，而心各有不敢自散，因闻清朝将兵凡拿是广西之人斩而不赦，是以各结为团，故未散也。若清朝早日肯救赦广西之人，久散而矣。[5]
或许是因为紧要关头表现软弱，或许是因为不懂得适时采用安抚政策，或许是因为没能察觉到机会来临，又或许是因为缺少一位有远见的人物，总之朝廷白白错失了这次千载难逢的良机，眼睁睁地看着太平军在李、陈二人的指挥下重整旗鼓。可能是因为朝廷对太平军怀有根深蒂固的蔑视，因此官员们不会觉得招安有任何好处。对太平军，他们永远只会口诛笔伐，并将对方的胜利归咎于清军将领的无能。
咸丰帝在1856年3月25日下的一纸谕令便非常典型。这道谕令将华中清军与击退太平军北伐部队的蒙古将士作了一番对比，称清军无能，并宣称要派遣蒙古军队去剿灭长江两岸的太平军，接着又扬言：“谅兹穷寇，不难一鼓荡平。”虽不知说出这番豪言壮语的当时咸丰帝内心是否会有些发虚，但至少朝廷表面上态度十分强硬，毫无妥协的可能。一部分太平军官兵可能原本还打算间接向朝廷示好，而这道上谕算是彻底断绝了他们归顺的念头。
与此同时，远在江西的曾国藩情况又如何？1855年底，他的部队被困南昌，军饷欠了好几个月，与外界的所有联络都被切断。石达开在广东的另一股反叛势力的援助下控制了江西省的南部和东南部，以及鄱阳湖地区和东部产茶区。1856年，江西本地又出现新的反叛势力，他们的组织叫做“边钱会”，人数约有50000人之多，这些人集体秘密加入了太平军。他们攻城略地，大肆破坏，给曾国藩带来不小的麻烦。
曾国藩再次上书咸丰帝，陈说了自己的防御计划。他想将自己的部队全部调集到南昌；那时罗泽南尚在，曾国藩便提出让罗泽南把守通城，确保湖南湖北之间道路畅通，同时保护南昌；遮克敦布负责把守江西东北部四府，那时官军粮饷就全指望这四个府了。这个计划过于保守，咸丰帝极为不满，连发两道谕令，称叛军人数并无绝对优势，曾国藩不应只作防守，还应该从叛军手中夺回失地。命令是下了，但不见朝廷拨款。好在浙江、湖北和湖南当时正推行厘金制，财政状况有所好转，四川、广东和广西也正在仿效。
某日彭玉麟抵达南昌，曾国藩闻讯大喜。彭玉麟从衡州出发，一路乔装改扮，徒步700多里才来到南昌。曾国藩本人并不精通排兵布阵，他手下最出色的几位将领要么已经战死沙场，要么身在别处无法赶来，面对朝廷的谕令，曾国藩正处于孤立无援的境地，彭玉麟无疑来得正是时候。与此同时，叛军在鄱阳湖一带有所动作，吉安被围，但曾国藩一时派不出救援的人手。
御史们纷纷开骂，指责曾国藩处理江西军务不力，咸丰帝也下诏斥责。2月14日，曾国藩复奏称，没有罗泽南和杨载福襄助，他已坐困江西。他手上兵力本就不多，不适合分散，因此无法调拨出一部分去湖北增援。如今彭玉麟抵达南昌，他希望此后情况能有所好转。与此同时，缺少资金依然是一个大难题，现在，维持他手下这支小型军队正常开支的6万两银子都无法保证了，因为多数州府已被太平军占领，正常的税收断了，卖官鬻爵也行不通了，浙江的盐税也很难收得上来。他发现国内贸易中征收的厘金能带来的收益最大，于是他请求朝廷下令推广厘金制度，与上海有商业往来的地区全部推行，并抽取部分厘税交与他用作军饷。与此同时，他也请求江海关，即现在的上海海关抽取税金以济湘军。
最后一条请求阻力颇多，很难得到肯定的批示。然而咸丰帝又下了一道谕令，不耐烦地催促曾国藩与巡抚商议，尽快采取措施，这等同于让曾国藩做无米之炊，于是，曾国藩只得在3月27日的复奏中哭诉说自己已陷入绝境。南部的吉安已经失守，鄱阳湖地区的将领周凤山不具备足够的将兵之才，江西重镇樟树镇被攻破。更糟糕的是，周凤山的溃兵一路奔逃到南昌城里，城内顿时人心惶惶，居民四处逃散，人口骤减。另外，铅山和饶州的驻守官兵也弃城而逃，撤退到南昌。这下曾国藩只能亲自出马重整周凤山部队，安抚百姓。同时他向湖南求援，湖南巡抚骆秉章计划打开醴陵到萍乡以及浏阳到万载之间的两条通道，然后兵分两路前去增援。
与江西巡抚商议后，曾国藩又上了一道奏疏，向咸丰帝陈说了当时的状况。江西东部南部已全部落入太平军之手，广东盗匪又窜入了南部的赣州，两广总督应该设法应对。罗泽南应调回江西。饷银问题也亟待解决，他们请求朝廷命江海关拨付10万两白银以充军饷，并将空白官凭交给他们，以便在江西卖官筹钱。如果咸丰帝、御史或其他人看到奏疏后出言指责，他们应该回想一下，曾国藩手下只有11000兵力，而且这些官兵已经很久没有拿到薪俸，而他们要面对的敌人是石达开、胡以晃这样强悍的将领，这些将领手下的军队可以靠抢掠度日，而作为朝廷命官的曾国藩当然不能采取这种手段，在兵力和军饷都极度欠缺的情况下，他寸步难行。曾国藩筹措军饷的措施丝毫没有得到地方官员的支持，江海关处于洋人控制之下，抽取关税又会引发外交问题，抽厘助饷是否有效也值得怀疑，湖南、湖北、安徽和江西的财政收入还需挪作他用。咸丰帝将军饷问题交与户部解决，此举相当于让曾国藩的请求石沉大海。在这样的情况下曾国藩都没有甩手而去，已经算得上奇谈了。
好在援军终于还是陆续赶来了。应曾国藩父亲的请求，胡林翼派出了4000湘军，在曾国华的率领下奔赴江西。增援的消息被封在一枚蜡丸里，由信使带来。援军在瑞州遇阻，耽搁了一段时间，但九月初湖北派出的部队抵达后，他们一同攻下了瑞州。当时瑞州太平军的主帅应该是石达开，曾国藩本希望援军能在攻城时俘虏翼王，但被他逃脱了。
就在援军攻打瑞州的时候，曾国藩的部队收复了南康和饶州，江西与两湖之间的交通再次打开。6月6日，杨载福率新舰队抵达九江。但曾国藩接到情报，太平军正在南昌城以南的四府修造船只，用于内河及浅水航行，打算趁夏季水位猛涨之时顺流而下攻打南昌。这一情报让湘军非常担忧。后来太平军的确来攻打南昌了，但被湘军水师击退了。
援军到后，饷银需求更大了，曾国藩和江西巡抚再度陷入绝境。当时北方已脱离战乱，于是两人奏请朝廷，每月从山西和陕西两省调拨3万两白银作为正在攻打瑞州的湘鄂援军军饷。
援军攻打瑞州期间，曾国藩离开南昌前去坐镇，突然接到奏报，称在赣东围攻抚州城的官兵大败。这个消息无疑给了曾国藩当头一棒。围攻抚州的这支军队算得上身经百战，与太平军交手52次，未有败绩。守饶州以保鄱阳湖区，守广信以保浙赣通途，都需要依靠抚州重镇，部队辎重运输也必须经过这里。抚州城内的太平军是10月15日突然发起突围的，他们与赶来的援军合力击败了官军，攻占了对方的营地。官军在慌乱中撤往南昌，再度引发省城骚乱，还波及了赣东的广信和建昌两府。曾国藩不得不火速返回南昌安抚百姓，并主持广信的防御。
11月22日，建昌的清军大营遭太平军攻打，福建的朝廷驻军被迫撤离该省。几乎在同一时间，谕令送到，咸丰在谕令中斥责曾国藩说，本指望能看到捷报，结果报上来的全是败绩。既然石达开就在江西，为何不能招降？他勒令曾国藩尽快设法讨逆，奏报克复的城池。若再次讨伐不成，即便朝廷不降罪，曾国藩和巡抚也无颜面对江西百姓。
这个时期倒确有一两个捷报，虽不能直接预示朝廷的胜利，但回过头来看就会发现它的关键作用。第一件事是袁州告捷，发生在11月26日。更重要的是第二件事，周凤山在湖南招募了新军，回到了江西，同行的还有曾国藩的弟弟曾国荃。他们在安福与太平军交手获胜，随后便向吉安进军。这个时期曾国荃已表现出了过人的军事天赋，所以日后奉命率军攻打安庆和江宁也正是他。
曾国藩给咸丰帝的复奏可谓言辞谆谆，恰到好处。他详细陈述了目前的局面。赣州在赣南，距离南昌千里有余，因此在广东设防更为妥当。建昌失守，受到影响的是福建，福建守军撤离，直接导致赣东方向兵力空虚。而眼下他正死守瑞州，因为瑞州是赣西要地，把守着通往湘鄂两省的门户。至于石达开，曾国藩先前曾关注过此人的动向，他曾把皖南牢牢攥在手中，现在又控制着瑞州、临江、抚州、吉安和九江这几个要地。若要招降此人，必须让他先献出手中的一两座城池，以确定他是否真心归顺。
咸丰帝接受了曾国藩的解释，同时他还听取湖南巡抚的建议，把曾国藩家乡湘乡的秀才名额从15名增加到18名，武秀才名额从12名增加到15名，算是赐给曾国藩的一种殊荣，也算是弥补了之前对他的斥责。
1856年已接近尾声。这是天晦地暗的一年，但晦暗中带着希望。这一年的12月19日，武昌克复；曾国华死守瑞州；曾国荃和周凤山在攻打吉安。太平军方面，这一年最大的变故就是天京的内讧。这是剑拔弩张、危机四伏的一年。好在求援有望，武昌克复后，陆军和水师顺长江东下，于1857年1月13日在九江与曾国藩会师。杨载福麾下有400艘战舰，鲍超麾下有3600名将士，李续宾麾下有8000名将士，加上瑞州的兵力和南昌及其周边直接由曾国藩率领的人马，兵员总数接近6万，若加上吉安的兵力以及广东、福建赶来的援军，则这个军队会更庞大。
1857年1、2月间，湘军又攻克了几个州县，但在部分地区，太平军势力依旧强势，尤其是湖北边界以及鄱阳湖东的饶州和贵溪。就在曾国藩打算挥师东进的时候，他却突然接到了父亲去世的噩耗。曾国藩必须立刻回家奔丧，咸丰帝应允了他返乡丁忧的请求，湘军暂由杨载福和彭玉麟指挥。接到丧报后第10日，即3月16日，曾国藩和曾国发启程返乡，曾国荃也离开吉安回到家中。咸丰帝原本只准了曾国藩3个月的假，但曾国藩再次上奏要求延长假期，咸丰帝准了，并接受了他对军权安排的提议。军饷一事交由湖广总督官文、湖北巡抚胡林翼和江西巡抚文俊共同打理。
曾氏兄弟离开后，军情未见好转，所以咸丰帝本是催曾国藩尽快回去赴任的。但由于曾国藩在奏疏中请求延长假期，最终咸丰帝应允，但要求只要江西告急，曾国藩就必须立刻赶回去。暂别军营的这段时间，曾国藩总算有机会好好思索一番，为什么自己几年来出生入死，却未能如愿剿灭太平军。他认为缘由有三。其一，尽管他官拜内阁学士，又有主帅头衔，但实权还不如一省提督。其二，所有财政收入都由地方官员掌管，他曾国藩不过是位异客，地方财政他动不了分毫，湘军只能仰食官府，因此军饷问题一直是他的心头大患。其三，他先后有过4个头衔，听起来名头都不小，但对官民都没有实际的威慑作用，所以他签发的命令，即使盖了他的官印，别人也不怎么重视。
1857年，湘鄂两省湘军合力将湖北地区长江以北的太平军全部驱逐出去，太平军一路向东逃窜，双方在九江交手，胡林翼也参加了这一战。10月18日，朝廷克复湖口，控制了鄱阳湖的入口，自1855年1月被强行隔开的水师战舰终于再次汇合。这条水路被打通后，杨载福率舰队沿着长江纵意自如地走了一遭，舰队穿过太平军所在的区域，沿途克复不少城池，最终抵达安庆。此后杨载福不再命手下攻城，而是继续扬帆远航不下千里，直抵定海。定海的海上战船见杨载福率领的小型舰队旌旗招展，从长江上游方向一路驶来，纷纷称为奇观。展示过水师军威后，舰队开始返航。这是一次相当重要的航行，它证明了朝廷的舰队已经可以穿透太平天国的心脏地带，在整个长江下游地区畅行无阻。
在赣南，吉安的仗已经打了很久，当年夏，周凤山战败，但他手下原属于曾国荃的部队十分骁勇，撤往安福时依然井然有序。江西巡抚请求朝廷速召曾国荃返回江西领兵。于是曾国荃于当年年底抵达安福。
1858年1月，本已离开的石达开再次率军侵入江西，攻打湖口。把守湖口的李续宜严防死守，太平军未能得逞。随后，石达开取道饶州、抚州，向吉安进军。朝廷调动了所有兵力加以堵截，石达开在三曲滩战败，被迫撤出江西。1858年1月22日，湘军收复临江，至此，除吉安和九江外，赣西地区已全部克复。通往福建的交通也已恢复。
整个1857年，太平军在江西以外战果平平，一部分原因在于石达开的出走，另一部分原因则在于天京掌权的都是天王家人，尽是些无能之辈。安徽地区的太平军和来自河南的捻军勾结到了一处，因此异常活跃，钦差大臣胜保和将领袁甲三需要在豫皖边界设重兵防守。官军与太平军在江宁附近也交过几次手，最后官军获胜。12月27日，和春攻克扬州，几乎在同时，德兴阿收复了瓜州，张国梁则攻取了镇江，朝廷闻讯很是振奋。
捷报自然是大快人心。但是对于曾国藩来说，若要他重新出山领兵，那么军饷筹措绝不能像过去那样无章可循。于是，在重新赴任前，他再次向朝廷陈说了先前举步维艰的处境，并奏请朝廷开辟一个专门为部队筹集粮饷的特别官署，让他本人从此能够专注军务，不必为其他琐事分神。这个官署必须由朝廷统一管辖，湖南、湖北和江西三省需要设立分支。特别官署都无法筹集的供给再由他本人去设法处理。1858年3月，户部批准了曾国藩的请求，特别官署终于成立，虽不能克服饷银筹集过程中的全部难题，却也助益不小了。