1858年是这场战争的转折点。江西失地正逐渐收复，湘军很快就能向安庆进军，而且，如果他们能成功占领江宁外围，那么包围太平军都城便指日可待了。
就算天京从未发生过变故，太平天国也是注定要灭亡的，只是一时间还看不到直接的迹象。太平天国所有的将领都在外征战，把守着安徽、江西和福建的城池。然而天京城内的境况江河日下，万幸洪秀全手下还算有几个能人，首屈一指的就是忠王李秀成，他在广西时就加入了太平军，他凭借自己的能力，从一个无名小卒一步步进入最高领袖的行列，成为太平天国的顶梁柱。与东王杨秀清不同，他从来不曾陷入宗教幻想，他靠的是自己的军事才能和赫赫战功。如果他的自述内容属实，那便说明他的坦诚无畏非常人所能及。这一年，李秀成作为领袖终于崭露头角。
1858年阴历一月（公历2月14日—3月14日），天王十分难得地过问了一下政务，然后便发了一则篇幅很长的诏书，痛陈满人如何篡权夺位，并表示，只要所有人坚持到底，理想的天国一定能成为现实。他在诏书中提到了7位新王，即英王陈玉成，豫王胡以晃，赞王蒙得恩，护王杨辅清，忠王李秀成，侍王李世贤和章王林绍璋。
这些变化表明，太平天国还是有望取胜的，只可惜天王依然沉浸在宗教幻想中，看不清现状，又听不进劝告，只知道依赖宗教程式以及他身上的不知究竟是否存在的神力。
△1962年世界书局影印发行《李秀成亲供手迹》线装本。
1858年4月20日，石达开率7万人马东进，战火烧到了浙江。浙赣边界的一些县城被攻占，整个浙江陷入了极度的恐慌。但另一个捷报很快传来，5月19日，在杨载福、李续宾和彭玉麟所率领的水陆两军联合攻打下，落入太平军手中3年之久的九江终于被朝廷收复。官军炸毁城墙，冲入九江城内，17000多名太平军官兵死于屠刀之下。
太平军本打算沿长江两岸向下游方向前进，以解天京之围，但由于种种阻力未能成行。比如英王陈玉成企图取道安徽去攻打湖北，但在鄂东北的麻城遭胜保、胡林翼等人的抵抗，被迫撤回安徽省太湖县。由于陈玉成战败，李秀成也被迫停兵滁州。他让一名将领率部暂驻当地，自己则出发赶往天京。然而留在滁州的军队很快遭到官军攻击，被迫撤退。援军部队均未抵达天京。
1858年10月，太平军将领聚在安徽枞阳，商议过后一致认为陈玉成与李秀成应在滁州会师。两队人马很顺利地聚集到了一起。在乌衣，他们与德兴阿和胜保的部队交上了手，最后朝廷军队战败。在小店，他们又击败了张国梁的部队，将其一路逼退到德兴阿的驻地浦口，与天京隔江相望。太平军在浦口打败了德兴阿的部队，折损官军兵力万余，并重新恢复了天京与外部的交通。
然而更令朝廷惶恐的是浙江的战报。石达开在浙江大开杀戒，但和春病重，无法率军从江宁赶去增援。7月1日，朝廷下令重新起用曾国藩，命他从家中启程，火速赶往浙江。曾国藩手下的几员干将也奉旨从江西入浙。
7月5日，曾国藩请湖南巡抚骆秉章代他复奏朝廷，称浙江多水路，需要用船。他可以借助杨载福、彭玉麟的水师，或率军赴长沙组建舰队，或由朝廷从长江调船来接，再取道太湖进入浙江。湖南承诺每月拨给他2万两饷银，曾国藩请求咸丰帝令湖北拨付相同数量的银子，咸丰帝同意了。
7月17日，曾国藩奉旨启程，27日，他在长沙见了骆秉章和左宗棠。他在江西的部队接到命令，取道抚州前往浙江，他本人则顺江而下赶赴武昌。在武昌，曾国藩与胡林翼见了面，胡林翼允诺会支持这支人数已经增加的军队，并为他们提供部分军粮。曾胡二人商议10天后，曾国藩再次启程，在一个叫巴河的小地方，他停下来见了曾国华、李续宾、李续宜、彭玉麟和其他几位职位略低的将领，并为新军制定了军规。行至九江，他特地前往塔齐布的祠堂祭祀。在湖口，负责军需收发的粮台已按照曾国藩早先的计划设立，并由李鸿章的兄长李瀚章主理。
曾国藩赶路期间，有情报传来，称石达开这回并未攻城略地，而是攻下城池后便离开，浙闽二省到处都有他部队的踪迹。离开南昌时，曾国藩又接到咸丰帝圣旨，令他改变行程，赶赴福建，因为现在福建受太平军威胁，局面更加混乱。曾国藩立即调整了计划，选择了江西最东边的铅山县作为自己的基地。
1858年阴历8月，经过官军的努力，被围困已久的吉安终于解围了，太平军被彻底驱逐出江西，曾国藩的弟弟曾国荃也因此声名鹊起，并升任道台。曾国荃比曾国藩小很多，他年轻时曾在曾国藩北京的家中读过一阵子书（1841—1842年），但他不够勤勉，又不愿改过，这令曾国藩十分光火。1845年，曾国荃通过了乡试。曾国藩第一次兵败，让其弟曾国潢从长沙返乡时，曾命所有弟弟从此不得再入行伍。对于长兄的这一命令，曾国荃颇为不满，但也只能在家赋闲，直到1856年黄冕赴吉安任知府时才有所改变。黄冕是奉了咸丰的旨意去克复吉安的，遇到曾国荃后，黄冕对此人的才能大为赏识，便决定与他共事。于是曾国荃招募了3000湘勇，命名为“吉字营”。转年曾国荃丁忧回籍，但因其才能出众，1857年阴历5月被朝廷重新起用。当时曾国荃的部队已被石达开从吉安赶到安福，他一回营，军队士气大振，阴历11月，他们在吉水县阻挡了10万太平军的进攻。后来吉安的克复更是让他有了大展宏图的资本。
然而增援江西不过是解一时之围，10万太平军很快就从邵武越过福建边界进犯，抚州、建昌、饶州和广信各府人心惶惶。曾国藩火速赶往弋阳，并命军队在周边驻守，发誓威胁不除绝不离开江西。看一眼地图我们就能明白曾国藩的用意了。以省城南昌为中枢，周围交通犹如放射状扇骨，连接着各个要地，北通鄱阳湖和湖口长江一带，东北可经饶州直达江宁及沿海地区，正东经广信可往浙江，东南经抚州、建昌直通福建，正南经吉安、赣州可入广东，往西即为湘鄂，可由多条道路前往，新军兵力、饷银、粮草多仰仗这两个省份。因此朝廷一定要对江西严防死守，不容太平军入侵，尤其值得一提的是，对方还是石达开的手下，他本人和主力部队就在后面，很快就会尾随而来。
若不算曾国荃的人马，曾国藩麾下约有12000人。11月中旬，他率军前往建昌安营扎寨。然而连日大雨拦住了湘军前进的步伐，他们没法走山路进入福建，偏在这时军队中又爆发了疫病，损失了1000多兵力。好在曾国荃和李瀚章派兵前来增援，让曾国藩的兵力得以恢复。曾国荃率军转移到湖南边界驻守，实际抵达福建的人数并不多。
此时战争的重心已转移到安徽，然而太平军在这里取得了重大的胜利。当时李续宾所部已迅速连克黄梅、宿松、太湖、潜山、石牌、桐城、舒城等地，欲围攻三河，曾国藩二弟曾国华也参与攻城。那时太平军已将清兵赶出了江宁，正准备乘胜追击，进一步将他们逐出皖西。11月16日，陈玉成遭湘军进攻，眼看就要无力回天，但就在千钧一发之际，李秀成率援兵赶到，大败湘军。湘军折损精锐6000，曾国华战殁，李续宾不堪忍受败军之耻，饮恨自尽。湘军残兵和围攻安庆的都兴阿所部一同撤往湖北。桐城的防守已形同虚设。三河之战惨败，官军士气大减，鄂皖边界受到了很大影响。
太平军乘胜追击，大批追兵涌入江西，抵达景德镇，赣南也有太平军分部进犯，江西省的衙门顿时不知如何应付。湖南巡抚骆秉章担心太平军从安徽进入湖北，再进一步进犯湖南，因此奏请朝廷将主要兵力集中在安徽，并派曾国藩前往坐镇，以减轻三河兵败所带来的负面影响。
接到圣旨后，曾国藩复奏咸丰帝，说明了江西婺源与景德镇的要紧之处。太平军一旦占领这两个地点，便可突袭江西饶州、广信、皖南徽州及浙江衢州四府。他还点明，有3个地区需要重点设防，否则朝廷将进退两难。景德镇为其一，占领了景德镇就能控制鄱阳湖及湖口；巢湖北岸的庐州、凤阳及淮河地区为其二，也是最关键的区域，因为这个区域的太平军有可能会与捻匪联手；巢湖南岸地区为其三，因为这个区域有太平军的几个据点。曾国藩手下已无多余兵力可以分派，他提议朝廷调遣30000兵力驻守安徽的江北地区，由都兴阿、李续宜和鲍超指挥，20000兵力驻守安徽江南，由他本人直接指挥，另外10000人由杨载福、彭玉麟统领。这样他便可控制赣北，江西巡抚分管赣南。他还进一步向咸丰帝进言，请他派3000蒙古骑兵进入皖北对付捻军。
朝廷以景德镇为第一个占领目标，令张运兰于1859年1月从福建启程前往。随后官军打了几次胜仗，但还没能攻占景德镇，只得等待平江勇前来增援。在赣南，湘军将领萧启江恪尽职守，分别于2月和3月在江西南康和福建南安大败太平军，终于将石达开所有部队全部赶出了江西。但太平军随即窜入湖南，骆秉章只得奏请朝廷急诏萧启江部队前往湖南驻守。
原先前往福建的计划已弃，因此曾国藩将湘军大营迁往抚州，并派人去湖南招募兵员。当年5月，4000新军抵达抚州，随后曾国荃赶到，并率5800兵力奔赴景德镇，李鸿章与他一同前往。曾国荃一到，官军实力大增，经过一番鏖战，终于1859年7月13日攻下景德镇，太平军撤往安徽。
石达开所部在湖南到处游荡，4月11日攻占永州，随后又去围攻宝庆，整个湖南省陷入了恐慌。湖南官员担心长沙很快就会遇袭，便请当地士绅援助，加强了省城的戒备。当时有传言称石达开手下有几十万兵力，营寨连绵百里，气势盛大。鄂皖边界和江西的湘军被火速调往宝庆，经制兵、勇军和乡兵全部集结到此，与宝庆城内官兵里应外合，协力攻击石达开，经数日鏖战，翼王所部终于在7月26日溃败。一番思忖之后，石达开决定率军撤往广西。
曾国藩所部虽身在江西，但也牵挂湖南军情，因为湘军之中不少官兵便来自被石达开攻击的地区，这种情况下，他们自然回乡心切。大批将士请求离队返乡，再不采取措施，湘军就要散了。同样心急如焚的还有湖南的官员，因为石达开曾扬言要撤往四川，打算在蜀地独霸一方。如此一来，湖南北面有捻军威胁，东面被太平军控制，官员们担心一旦石达开真的入蜀，那么湖广两地便会被太平军包围。于是，湖广总督官文奏请咸丰帝派曾国藩赶往地处三峡入口处的夔州府，阻止石达开的部队入川。
接到朝廷调遣令后，曾国藩并未遵从，他答复咸丰帝说，四川乃是大省，本当依靠本省兵力抵御叛军入侵，他还提醒朝廷说，自己手上兵力不够。但朝廷的谕令接连不断地发来，曾国藩再怎样也不能无动于衷了，于是他决定遵从一半的命令，即亲自前往湖北与官文和胡林翼商议对策，但他并没有将自己的部队从江西调离。
于是曾国藩启程前往武昌，中途在黄州见了胡林翼。就在赶路的途中，他接到了新的谕令，让他不要再往四川走了。但他还是去见了官文，两人商议后，一致认为石达开不太可能从贵州直接入川，因为川贵之间多山地，军队供给困难，且一旦入川，便与太平军其余部队相距太远。即便他们估计错误，石达开真的不畏山路艰险坚持入川，其威胁也并非立竿见影；眼下更要紧的是解安徽之困，那里的情形已经到了水深火热的地步。安徽多半地区已经荒废，百姓流离失所，有的地方田地干涸，有的地方却洪涝成灾，当地两支官军部队又相隔甚远，无法会师。想要克复安徽，唯一可行的办法就是李续宾生前所提出的，从湖北边界攻入安徽。当时这一计划之所以未能达成，就是因为李续宾手上兵力太少。
从武昌返回的途中，曾国藩又找到胡林翼，二人一起商量了对策。他们决定让一部分湘军从南边兵分两路前往安徽，一路由曾国藩率领，取道宿松和石牌抵达安庆；另一路由多隆阿和鲍超率领，经太湖和潜山奔赴桐城。另一部分湘军从北路入皖，一路由胡林翼指挥，过英山、霍山前往舒城；另一路由李续宜率领，取道商城和六安抵达庐州。不过，只有等到萧启江和张运兰所部从湖南返回，重新上阵后，曾国藩的行军计划才得以实施。
大军出发后，胡林翼和曾国藩率领的部队按时抵达目的地，但多隆阿和鲍超在太湖和潜山地区遭到陈玉成袭击。陈玉成与两个捻军首领结了盟，手下兵力立刻增加到了10万。曾国藩与胡林翼立刻派兵前去增援，双方在湖北小池驿相持了两天两夜后，太平军终于败北。朝廷军随即攻下太湖地区与潜山，并最终抵达目的地。
与此同时，身在皖北的钦差大臣袁甲三奉命镇压淮河沿岸的捻军，双方交手后官军获胜，临淮关与凤阳县被朝廷攻占。2月14日，从江西入皖的一支湘军部队占领了太平军在安徽的旧基地。朝廷闻讯大悦，希望袁甲三乘胜追击。
然而湖南的兵力迟迟未到。曾国藩正盼着萧启江前来增援，但此时萧启江接到圣旨，要他率手下5000人马即刻前往四川，因为安徽形势已经有所缓和。在这种紧要关头，朝廷居然把湘军急需的增援部队派往西部，可见咸丰帝手下那班朝臣纯粹是得过且过，只顾得上眼前。有这班朝臣在，镇压太平天国运动的过程如此旷日持久，便也不足为奇了。
2月底，调走萧启江部队的决定终于引发了恶果。官军在皖南接连战败，宁国与徽州所辖6县落入太平军之手，这便帮太平军在天京与浙江之间打开了通道，从这条道便可直抵杭州。3月19日，这片繁华之地被忠王李秀成攻破，不过内城仍在拼死抵拒。3月24日，朝廷援军赶到，于第2日克复杭州。但大半个杭州城毁于大火，上万人在火中丧生。而李秀成则火速回师天京，与其他将领商议之后，于3月28日合击和春和张国梁等将领所在的清营，将他们逼退到丹阳，天京之围立解。
这是李秀成的一则妙计。他诱导江南大营分师援救杭州，自己则还军天京，与太平军将领合攻清营，成功地扭转了局面。如果曾国藩不那么谨小慎微，非要等到前方所有敌军全部肃清后才领军出发，如果江南大营的清军将领没有落入忠王佯攻杭州的陷阱，胜负便不会那么容易易手。但朝廷担心丢掉浙江的心态也是很正常的，因为军队的大部分粮饷要靠江浙两省供给。另外朝廷也没想到太平军会派出如此多的兵力去合攻清营。
这下朝廷坐不住了，要曾国藩立即奉命前往江宁。但曾国藩不肯听从旨意，一来因为兵力不够，二来他想先攻下安庆，并确保安徽处于朝廷控制下之后再行动。所以他向朝廷举荐左宗棠，让他带兵去增援江宁。这个时候左宗棠正与曾国藩在一起。左宗棠曾在1854年帮助王錱篡改过曾国藩递给朝廷的奏章，因此，曾国藩在第一次战败后的那段日子里对左宗棠一直相当反感。但是，据说是胡林翼从中调解，曾国藩后来开始意识到左宗棠是一个很有前途的人，他思维清晰，有勇有谋，因此这回曾国藩才会举荐他去领兵。没等咸丰帝的朱批下来，曾国藩就与左宗棠商议，让后者回湖南再去招募一支军队。此后不久，左宗棠就在现役军员名册上占据了一席之地，左氏功业就此发轫。
而此时忠王李秀成已开始急趋东进，去攻打常州和苏州，他的部队可谓所向披靡。丹阳的清营被率先攻破，清军被逼得退无可退。张国梁溺亡，他手下的1万多将士葬身沙场。和春闻讯自尽，留下他的下级带着残部撤退。清军逃到了常州，5月26日，李秀成率追兵杀到，清军气节尽失，立刻弃城而逃。5月20日，无锡失守，6月2日，苏州陷落。此后李秀成立刻将目标对准了杭州，并先攻下了吴江与嘉兴。张玉良企图围堵李秀成部，但没能成功。两江总督带着自己的人马逃往上海，不久后因此被革职。江苏巡抚在苏州阵亡。
朝廷命曾国藩署理两江总督，赏兵部尚书衔，申令他首先收复失地。在此之前，他已经接到了一道圣旨，要他赶往湖北，以防陈玉成部从安庆入鄂。而此时朝廷又要他改道奔赴上海，他觉得自己不能从命。6月21日，曾国藩在呈递给朝廷的奏疏上签了字，他在奏疏中道明了自己的想法，虽不是什么惊世骇俗之论，却不失为长久之计。其一，安庆未下，则江宁难克。若要攻下安庆，则眼下当地军队万不可调离。其二，需兵分三路攻打皖南，一路由杨载福、彭玉麟率领，沿长江水路直抵芜湖，一路从祁门发兵，一路从广信启程。为了不影响皖北军情，需要胡林翼派1万兵力增援，同时还需从湖南继续招募新军，江西、湖南和湖北也要支援。其三，安徽、江西和湖北三省依然有可能遭太平军攻击，需要调派兵力前去守卫。为保证防御部队的供给，曾国藩在江西各地设立了厘金征收点，并和以前一样，留李瀚章负责军队供养。
根据曾国藩的计划，皖南需要增派1万兵员。如果张运兰和左宗棠能率1万兵力顺利抵达，曾国藩就会将大营从宿松迁到祁门。此外淮河及淮安的运河一带需要增派战船，长江及江南湖区的水师兵力也需要加强，桐城和宁国需要设立基地。淮河地区增派战船是为了保证这一带的盐粮供应，而太湖周边水路纵横交错，因此淮南舰队也是必不可少的。
计划成功实施了，1860年7月28日曾国藩将大营迁到了祁门。因为身兼文武数职，他正忙得不可开交，但就在此时，情报传来，太平军进犯福建，而江浙两省仍在忠王手里。宁国就在江宁南面，是江宁最重要的前哨，这座城池虽然尚处朝廷控制之下，但已经危在旦夕。当时张玉良已因守城失败而被革职，朝廷任命曾国藩为钦差，前去解浙江之围。
曾国藩复奏咸丰帝，再次重申须等安庆克复方可离开该城。虽然杭州乃至整个浙江的军情都万分紧急，但他还是不能亲自前去增援。实际上，就凭他手下的兵力，守住皖南和江西都有些困难。他的第一要务自然是把守住处于他控制之下的地区。既然他自己不能离开祁门，于是他便举荐时任道员的李鸿章出任江苏巡抚，同时统带淮扬水师，他认为此人头脑冷静，可堪大用。在等待咸丰帝朱批时，曾国藩便已让李鸿章先暂代巡抚职。此前李鸿章在这场清末大戏中一直都是个配角，但从那一刻起，他开始站到了风口浪尖上，他所管辖的省份经常要与上海的洋人打交道，因此他本人也格外招人注意，其程度超过了京外的所有高官，而且洋人对他的关注程度也超过了对曾国藩本人。此后春秋四十载，其间惊涛骇浪无数，但李鸿章一直身居高位，同在宦海沉浮的多少名臣都渐次退场，只有他一直留在人们的视线里，不曾被人忘却。
军机处火急火燎地催促曾国藩派左宗棠等人前往江苏，克复苏州和常州，因为如果这两座城池落入太平军之手，那么他们北上的通道将被打开，沿海省份也会尽数落入他们的掌控之中。那一年也正是英法联军费尽心思想要进犯北京城的年头，8月31日到9月8日间，曾国藩接到不下4道圣旨，每一道都十万火急，申令他尽快前往江浙二省。1860年8月2日，英法联军在北塘登陆，12日击败僧格林沁的蒙古兵，随后继续进逼京师。10月，英法联军终于兵临北京城下。僧格林沁兵败后，朝廷日日惊惧，咸丰帝唯恐太平军趁外敌入侵之时北上，这才给曾国藩连下几道圣旨。其实朝廷的担忧不无道理，因为天王确实命李秀成一举扫清满人，但李秀成没有照做，因为他要去江西招募新的兵员，为此李秀成遭到了天王的斥责。
另一方面，曾国藩不能贸然前往浙江。在祁门与江宁之间有两座重要的城池，宁国和广德，这两地本是江宁的屏障，然而曾国藩手上兵力连给宁国、广德两地提供防御都不够，更别说应付江浙两个沿海大省的军情了。此刻他也只能派张运兰、宋国永和李元度率12000兵力前去宁国救援。左宗棠本是要一起去的，但此前他就接到了谕令，命他赶往四川。但曾国藩最终说服朝廷改变了主意，让左宗棠留在安徽与他联手。
可惜援兵来迟一步，1860年9月2日，宁国失陷。随后陈玉成和李世贤部袭击李元度，10月9日，徽州失陷，如此一来，太平军的势力便直逼曾国藩所在的祁门了。上海、镇江又接连失守，朝廷令曾国藩火速前去救援，曾国藩便借机向咸丰帝奏报自己的处境和计策。他在江南有三支军队，第一支在乐平，由左宗棠率领，根据太平军动向，这支军队随时待命向东或向北进发；第二和第三支军队分别由鲍超和张运兰率领，驻扎在休宁。倘若这几支军队相隔不远，那么集结起来兵力是足够的，一旦分散便非常危险。在奏报中，曾国藩再次坚定地重申，安徽未平，他是不能离开前往沿海地区的。自墨绖从戎以来，他一直坚守着这个原则，从未动摇。回首当年，为克复江宁，他初次率湘军出征，如今8年已过，而克复江宁依旧任重道远，因为身后叛军未清，他是不能离开驻地的。江西失守时，正是因为坚持这一原则，他不顾艰难险阻坚守南昌，最后终于招募到了足够的兵员。现在也正是由于同样的理由，他决定留在祁门，虽然手下兵力已经增强，长江南北都有湘军驻守，但他不会再像先前那样分散军队，让他们来回奔波去应付接连不断的突发情况。一旦他手下的兵力分别被派往不同的地方去攻打或围堵太平军，那么后者一定会绕到湘军后方，威胁江西、湖北和湖南三省，那是国家军事和经济的中心地带，就算不惜一切代价也一定要保住。在干王洪仁玕眼里，如果把长江当作一条长蛇，湘鄂赣三省好比蛇首，而富庶的沿海省份则为蛇尾；无论蛇尾命运如何，蛇首是一定要保住的。所以，在曾国藩看来，离开安庆奔赴沿海地区，无异于敞开大门上游地区的大门，邀请太平军从他们的天京沿江西进，在清军上游安营扎寨，占领大清的战略要地。
△英法联军在北京。
△英法联军火烧圆明园。
朝廷再次被曾国藩说服，但他所坚持的原则还需要经过一番考验才能证明正确与否，因为12月1日，黟县就被太平军攻占了。第二天，鲍超和张运兰成功将敌军驱逐了出去，但这只是暂时的胜利。12月15日，建德、东流失守，太平军渐渐包围祁门，虽然清军将士通力协作，也没能将其阻拦。
月底，祁门与外界的联系被切断了。此外，太平军的势力还向西扩张到了景德镇；在南面，忠王亲自率兵攻占了婺源，并进一步向南扩展到玉山；同时他们向北穿过群山，直抵湘军大营。短短两周内，祁门乃至清朝基业危在旦夕。湘军交通已被切断，多亏左宗棠和鲍超的努力，一条从景德镇到祁门的运输通道保留了下来，保证了祁门营地的军需供给。随后左鲍二人逐一收复战略要地，最终解了祁门之围，曾国藩获救。坐困祁门的时候，曾有人建议曾国藩撤回江西，但曾国藩一口回绝，因为他不想打击军队的士气。风狂雨急时站得住脚，山穷水尽处沉得住气，曾公气度，可为楷模。
祁门并非唯一一处军情危急之地。广东太平军正在入侵赣南；长江沿岸，彭玉麟把守的湖口也陷入险境。此外还有其他几处被攻克或遭到威胁。不单是安徽，连江西也深陷战乱。忠王严令手下死守安庆，不得有失，因此太平军正想尽办法应付攻城的湘军。他们不时出兵去攻打别处，希望曾国藩能从安庆调兵去增援，但他们的算盘打错了，曾国藩不会中调虎离山计，就算别处人手不足，他也要保证安庆的攻城兵力。最后，安庆的将领曾国荃率部成功击退了太平军的增援部队。
1860年底到1861年初，清政府已经岌岌可危。一年前，太平军也曾陷入同样的困境，好在忠王力挽狂澜，重新夺取了一些原已被曾国藩及其鄂赣两省的同僚们收复的城池，并踏上江苏、浙江和福建的土地。但李秀成没能进入上海，因为有洋人干预，他被挡在了这个繁华口岸的外面。
曾国藩坐困祁门的时候，洋人首次出面干预，想办法联络到了他本人。俄国公使伊格纳季耶夫的来函从北京秘密发出，以确保递交到曾国藩手中。伊格纳季耶夫提议，俄国愿意出借一支300到400人的舰队给清朝，协助清军一同攻打江宁；同时配合上海的中美商人，用悬挂美俄两国国旗的船只将漕粮运往北京，因为当时大运河的粮食运送航道已经受到了太平军的侵扰。
在回函中，曾国藩并没有直接拒绝公使的提议，只说当前水师兵力充足，陆军兵力倒是稀缺，在这个时候考虑公使的提议还为时尚早。等到江浙皖三省的失陷城池克复，再考虑与外邦合作攻打江宁也不迟。不过一旦决定联合外邦，则诸事都需一一细化，如船只数量、军队人数以及具体报酬金额和供给需求。至于用外国船只从海上运送漕粮，曾国藩觉得这倒是个办法，但同样，若要付诸实施，那也一定要与美国签订合约，所有事项都要逐一明确。
曾国藩的排外情绪已是声名在外，这份回函就是很好的证明。但他不愿与洋人合作并非出于一己偏见，而是考虑到清朝的名声。虽然此前他本人从未直接与洋人打过交道，但也从其他官员处了解了一二。在他看来，英国是所有西方国家中最不可信的，法国居其次。俄国是欧洲最强大的国家，英国不敢惹它。美国对清朝一直比较殷勤，比如鸦片战争时它就是这样的态度。曾国藩从何处听来这些消息我们姑且不管，显而易见的是，在当时的清朝官员眼里，西方人不再一律被归为“蛮夷”，至少他们还作了一番研究，以了解不同国家的态度。
俄国主动提出要援助清朝，虽然援助力度并不大，这究竟是否与前线战况的变化相关？英法联军刚刚取胜，便立刻转变了态度，主动表示要帮助清政府镇压太平天国运动，此前他们一直对这件事保持中立态度。一般说来，发生这样的转变，商业利益很可能是唯一或者主要的原因，那时他们刚与清政府签订了新的条约，改变对华策略正是为了保证新开通的贸易顺利进行。也正是出于这个动机，英国代表一旦知道了俄国公使的提议，便会不遗余力地阻止俄国染指长江一带的贸易，因为英国一向认为这是自己的特权。自此，即便有西方势力在上海周边为官军提供援助，英国政府也几乎不再干预了。攻占苏州后，李秀成就在青浦遭遇了外国军队的袭击，此后便开始与他们频频交手。