战斗还没有完全结束，胜利者仍面临着一场悲剧。美国要控制中太平洋还得付出代价。
5日清晨，“伊-168”潜艇轰击中途岛无果。此后田边收到一份“特急件”：“我空袭使一艘‘企业’级大型航母遭重创，现漂浮在中途岛东北150海里的洋面上。着‘伊-168’火速追踪，将其击沉。”
从译电官对无线电的监听中，田边对战况有了比较清楚的了解。他知道日本已丧失了攻占中途岛的战机，但他谨慎行事，没有把监听到的内容及他个人的看法向艇员们透露。这项命令给了他一次求之不得的机会，使他能替遭受损失的日本航母报仇雪耻。
他立即把刚收到的命令传达给艇上全体官兵。有些人高兴得欢呼起来，也有些人因紧张与对战斗的期待而颤抖。田边在军官集会室召集参谋人员，指示他们拿出一份详细的攻击方案。他自己返回驾驶台，坐在小凳上，十分怀疑他是否能发现并捕捉到那艘航母，如能，他又是否能将其击沉。他估计，在受损航母四周一定有严密的警戒，他可能无法进入击沉敌舰的阵位。
田边两眼凹陷、目光深沉，身材瘦削，举止优雅，和源田长得很像。他在驾驶台连续坐了几个小时，考虑解决问题的办法。他没有源田那样的创造才能，但具备一个潜艇艇长的某些可贵之处——他做事稳当，三思而行，像猫潜猎松鼠那样有无限的耐心。
田边灵光的大脑正在考虑时间安排问题。他不仅希望而且也打算在拂晓时找到那艘航母。当时的日本潜艇还没有装备雷达，田边所依靠的就是自己良好的目力以及他那副性能上佳的12厘米双筒望远镜。他肯定那艘航母有驱逐舰护卫，还有空中巡逻。为了不让自己的潜艇被发现，就要趁天色还比较暗的时候，而为了能看清猎物，他又需要有一点亮光。
田边正在沉思，艇上负责电子器件的军官走到驾驶台，递给他一张护身符。他解释说，这是他从水天宫神社搞来的。他在离开吴港前弄到一些，想给艇上每人一张。
等副艇长报告说攻击准备完成，已让艇员们都去休息时，夜色正徐徐降临。田边下到舱里去巡查，惊异而自豪地发现，有些艇员已进入了梦乡。他们头上缠着准备作战用的白色头巾。另一些人激动得无法入睡，正聚在一起快活地聊天。田边乘夜色朦胧，把潜艇浮出水面，以16节的航速朝着目标航行。
一名监视哨兵一直在用望远镜观察东方的海面。04：10，他突然大喊：“右舷前方发现一个黑点！”田边站到哨位上亲自观察。他透过望远镜凝视着逐渐变得明亮起来的天边，心里十分喜悦。猎物就在大约20千米（约12海里）开外，而且发现它的时机和它的位置都恰到好处。潜艇从西南方迎着冉冉升起的旭日航行，艇员们可以清楚地看见“约克城号”的身影。只要田边不想暴露自己，敌人朝着夜色消退的方向想发现他是有困难的。他当然不想暴露自己。由于已发现目标，他把航速从16节减到12节，因为以16节航行，舰艇破浪航行的情景很容易被巡逻飞机发现。
大约06：00，田边看见2艘守护航母的驱逐舰，于是他决定下潜，仅以3节的航速悄然向前。文书军士把战斗给养分发到每个艇员手里。鱼雷兵最后把鱼雷再擦拭一遍。距离越来越近。田边数了数，共7艘驱逐舰，在离航母约1000米处成2列环绕。其实驱逐舰只有6艘，由于距离仍然较远，田边未能识别出“捕蝇鸟号”是艘扫雷艇。
担任掩护的驱逐舰数量众多，加之海面平静，潜望镜很容易被发现，于是田边收起潜望镜，靠听声音在水下航行了一阵。在此之前，他每隔10分钟升一次潜望镜，此后他大约每隔1小时才升一次。
他再次冒险升起潜望镜观察，发现离目标约15千米。那些驱逐舰看来都处于高度戒备状态。他根据噪声判断敌人使用了声呐。他下令说：“准备对付敌人深水炸弹攻击！”艇员们屏住气等候着。田边偶尔也让他们了解一下敌情。这时东风徐起，吹起层层细浪，对“伊-168”非常有利。
他随后进行了几次潜望观察，但所看到的情况使他大惑不解。虽然那艘航母几乎是静止不动的，它的位置却与潜艇领航员的计算不符。不论他如何努力，他与航母之间的相对位置不但没有变得对他更有利，反而变得糟糕了。它的航速是多少？它的大致航向是什么？它是否正在随风漂移？田边拿这些问题问自己，但得不出满意的答案。
他原计划从那艘航母的左侧实施攻击，但它仍在运动，于是他决定攻其右舷，并相应变动了潜艇的位置。他还决定完全根据海图计算来进一步接近敌人。这意味着，他可能根本就打不着敌人，但他觉得必须争取这个机会。他根据海图指挥潜艇的运动，而结果如何就只能听天由命了。美国的驱逐舰不断从“伊-168”上方开过，田边感到提心吊胆。潜艇的其他乘员也都听到了美国人声呐装置的噪音。
12：37，田边轻声祈祷后，升起潜望镜。他这一惊实在非同小可，因为航母的庞大身躯像一座山似的矗立在他面前，连舰上人的面孔他都看得清清楚楚。他距离“约克城号”500米，已经深入到驱逐舰警戒圈的里面。
田边急忙收起潜望镜，速度比刚才升它的时候快多了。靠得太近不仅使他感到不自在，而且可能造成鱼雷攻击的失败。距离这么近，鱼雷会从航母下方钻过去，对它不造成任何危险。对于美国的驱逐舰警戒圈，田边丝毫没有掉以轻心。他知道，面临敌人如此高度的戒备，自己的攻击机会将只有一次，他必须首发歼敌。为此，他只好硬着头皮再次穿过两道驱逐舰警戒线，至少要把潜艇与目标的距离增加一倍。
正当田边小心翼翼地向攻击距离运动时，他突然发现敌人的声呐探测声全部消失。他对上面发生的事感到奇怪，对领航员说：“看来他们的声呐值班人员都去吃午饭了。”不论是什么原因，这个出乎意料的空子给了田边一次机会。他再度冒险向上观察，发现自己在距航空母舰1500米的最理想的位置上。另外，这时“约克城号”正朝着他转身，把舰体中部暴露在他的正面，整个侧面恰好处于他瞄准器的中央。他在瞄准器中还捕捉到一艘驱逐舰，但他认为这艘舰不构成障碍。田边虔诚地想：我肯定是受到了战神的保佑，要确保歼敌，这个位置对我来说真是求之不得。
“伊-168”有8个鱼雷发射管——艇首4个，艇尾4个。田边知道，他只能靠发射艇首的几枚鱼雷，来不及掉转潜艇，进入尾部发射鱼雷的阵位。所以他决心每发必中。他高声下达命令：“准备发射！”几秒钟后他喊了一声，“放！”
2枚鱼雷飞速射出。2秒钟后，他向一方向又射出2枚鱼雷。在一般情况下，田边会取不同角度，把4枚鱼雷发射得散开一些，这样总会有2枚命中。可是这一次，他认为肯定会命中，所以就两次齐发，射向同一个点上，以期达到最大限度的破坏力。
“伊-168”发射鱼雷时，“约克城号”似乎正逐步恢复元气。整个上午，巴克马斯特率领抢险人员在航母上奋战，“汉曼号”给他们提供了必要的动力。为了纠正舰体倾斜，有一个抢险分队在进行水箱的排水与注水；另一个分队在拆除倾斜一侧的重型装备。他们已经扔掉了左侧的锚、左舷5门20毫米口径小炮的炮座以及一门5英寸口径的炮。这些措施使该舰的倾斜度减少了2度。杂货舱烧了很久的火也终于被扑灭。舰尾第三层甲板下积水已被抽掉3英尺。有一个作业组把飞机从前机库取出，慢慢放进海里。医疗人员完成了鉴别死人的痛苦差事，并准备进行安葬。35具尸体中，只有10具无法辨认。巴克马斯特主持了适当的仪式，然后就把他们海葬了。
13：31——从田边在“约克城号”鼻子尖底下伸出潜望镜算起，再过6分钟就整整一小时了——巴克马斯特发现风平浪静的海面上出现了4道鱼雷航迹。航空母舰上的一挺机枪鸣枪报警。“鱼雷袭击！”的警报迅速发出。“汉曼号”拼命向雷迹开炮，想在鱼雷击中目标前把它们引爆。第一枚鱼雷击中“汉曼号”舰体中段，另两枚从它底下钻过去，击中“约克城号”右舷舰底与舰侧弯曲部位第八十五框架，把舰体炸出了一个大洞。第四枚鱼雷从舰尾部脱靶而过。
由于“约克城号”的三号辅助升降机被连根拔起，各种固定装置全部轰然砸在机库甲板上。“前桅杆右舷侧支脚的铆钉全部断裂”，人被抛得到处都是，有的被掀进海里，有的摔得伤筋折骨、皮开肉绽、遍体鳞伤。
“汉曼号”二号锅炉舱被击中，舰身几乎被炸成两截，不到3分钟就沉没了。伯福德回忆说：“鱼雷击中‘汉曼号’，就像打断了它的脊梁骨。它几乎完全断成两截，那情景太可怕了。许多人被从甲板上掀进了海里，还有很多人当场被炸死。”
“汉曼号”舰长阿诺德·E.特鲁海军中校被爆炸气浪掀起，前胸撞在桌子上，肋骨折断一根，喘不上气，说不了话。这样就只好由副舰长下令弃舰。更糟糕的事又接踵而来。“汉曼号”下沉时，它上面的深水炸弹在3个不同深度发生爆炸，掀起的水柱足有15英尺高。舰上13名军官中9人丧生，228名舰员中72名死亡。
特鲁舰长认为“汉曼号”的深水炸弹是上了“保险”的。他在报告中热情赞扬了技术一等兵B.M.金布雷尔说：“他留在舰尾，最后又检查了深水炸弹，以确保它们都上了‘保险’。他还帮助几名因休克而暂时失去战斗力的人从舷边下去，把救生衣给他们。在尾部即将沉没时，他自己连救生衣也没穿就跳进了海里。他也是失踪者之一……”
尽管这名水兵进行了英勇的努力，可是人们一致认为，这些剧烈爆炸的确是驱逐舰上的深水炸弹造成的。特鲁很可能对金布雷尔采取的行动作了错误的解释。金布雷尔发现鱼雷航迹后，认为要立即采取反潜措施，所以他实际上是把深水炸弹下了“保险”。爆炸发生4小时后，特鲁被“巴尔奇”号救起。这时他已经半死不活了，可是他两个胳膊下面还各夹着一名已经死亡的舰员。
田边的第四枚鱼雷射出的瞬间，潜艇已下潜到100米左右的安全深度。接着他驾艇直接朝“约克城号”驶去。他认为离现场越近越安全，因为驱逐舰不会在航母附近投放深水炸弹，否则在这一海域浮游的幸存者会遭殃。
时间一秒一秒地过得像爬一样，田边和艇上其他人都在等候爆炸的声响。发射鱼雷后40秒钟左右，潜艇剧烈震动了一下，接着是第二次、第三次。可以毫不夸张地说，潜艇每晃动一次，水兵们都高兴得直跳，他们互相拥抱，使劲呼喊：“万岁！”几名士官跑到指挥塔向田边祝贺。一位水兵给他端了杯软饮料，田边感动得有点哽咽。他几乎忘记了，自从发现“约克城号”以来，他一直在指挥塔里，连一口水都没喝过。现在他才感到紧张与口渴，嗓子眼像把锉刀，话也说不出来了。
他知道，对于艇上的人来说，战斗才刚刚开始。一艘潜艇潜近猎物要比从它身边逃脱容易得多。所以他向全艇传话说：“真正的战斗将从现在开始，请加倍留神。”鱼雷发射出去还不到5分钟，深水炸弹就投下来了。但那些驱逐舰似乎漫无目的，所以“伊-168”起初第一个小时的日子还比较好过。但情况突然发生变化，一艘驱逐舰从它上方自右至左直接驶过，投下2颗深水炸弹。现在猎手反成了被猎对象。
田边把教科书上讲过的规避方法全用上了，但无法避开从头顶上方像接力赛一样轮番驶过的驱逐舰。不过，他总算幸运。副舰长报告说，它已避开了60颗深水炸弹。可他的话音未落，“伊-168”就像一匹野马似的跳了起来。头顶上方的油漆开始一块块地剥落。照明系统出现故障，艇内一片漆黑。紧急照明设备迅速启动。对损坏情况调查的结果是：前鱼雷发射舱和后转向舵机舱进水，蓄电池受到损坏。艇员们迅速堵住了漏，但蓄电池一时还修不好。电池中的硫酸慢慢地渗漏出来，和舱里的污水混在一起，产生了氯气。呼吸变得越来越困难，连舱底的老鼠也跑了出来，逃避这令人窒息的气味。
接二连三地落下的深水炸弹，像配制鸡尾酒的震动器一样，使潜艇不断摇晃。由于没电，潜艇动弹不得，水平舵和垂直舵失灵。为防止潜艇浮出水面，田边指派艇员们东奔西忙，又是注水，又是排水，以使重量均衡分布。主机械师和电器师戴上面具，率领手下人员拼命地抢修有致命危险的蓄电池。有几个人被毒气熏倒，只好把他们抬出蓄电池室。田边给大家打气说：“再有两小时就日落了，要坚持住。”
田边知道潜艇在水下无论如何也坚持不了两小时，因为气压只剩下40千克。空气几乎无法呼吸，紧急照明也熄灭了。水兵们在昏暗的提灯光下工作。大约在16：40，“伊-168”的艇首开始上翘了30度。田边不得已作出了最后决定：听天由命，任其上浮！在海面上进行光荣的最后一战而牺牲，也比潜踪匿迹在水下憋死要痛快。他下令说：“炮和机枪作好射击准备，迅速上浮射击。”
舱口盖刚冒出水面，田边就纵身一跃跳上舰桥。他惊讶地发现，附近海面空空如也。他朝远处望去，只见大约在10千米以外有3艘敌驱逐舰。23这肯定是在搜猎他的“本汉姆号”、“莫纳汉号”和“休斯号”。24特别使田边感兴趣的是，那艘航空母舰不见了。他断定它确已被击沉，就赶紧跑下去，和艇上的人共同分享这个喜讯。
田边高兴得太早了，因为“约克城号”此时此刻仍在海上漂着。说来也怪，“伊-168”的鱼雷反而使它的倾斜减到17度，而且巴克马斯特还希望上午再继续进行抢救。这一天算是白干了。识别死者的工作也白干了，因为他们的遗物，包括指纹在内的档案全都掉进海里了。驱逐舰正全力营救幸存者，打捞死尸，搜寻“伊-168”。巴克马斯特决定在天亮之前暂不采取任何行动，等舰队的“纳瓦霍号”拖驳到来。于是他和抢险队离开了母舰，上了“巴尔奇号”。
田边没有高兴多久，很快又看见那3艘驱逐舰改变航向朝他驶来。他想溜之大吉，在潜艇全速航行时给蓄电池充电，但他马上意识到，“伊-168”的水面航速和追击他的驱逐舰不可同日而语。有1艘驱逐舰向别处开去，另外2艘飞速向他驶来。田边命令通联官给联合舰队发报说：“我们击沉了‘约克城号’，现将同敌舰决一死战。”
观察哨不断报告“敌人在逼近”，可是舱下传来的总是“电机仍无法使用”。怎么办？下潜还是继续在水面航行？迫不得已时就和驱逐舰撞个同归于尽？按田边的个性，他倒很想走第三条路，可是他又考虑到舰上的人和他们的家小。他看了看表，离日落还有30分钟，驱逐舰已测出距离，舰炮正对潜艇进行交叉射击。田边问副舰长：“我们有多少空气了？”副舰长答道：“已上升到了80千克。”
田边立即下令“紧急下潜到60米深度”。接着主机械师那里传来了振奋人心的消息：“电机已能使用。”驱逐舰似乎又失去了目标，它们的炮弹和深水炸弹落得越来越远。田边为这艘潜艇和艇上的官兵打赢了这一仗。
18：50，潜艇浮出水面。在13个小时中，田边和艇上官兵除喝过一杯水庆贺胜利外，既没吃也没喝。他的内心充满了感激和自豪。他从内心深处感激忠心耿耿的官兵们那无私的献身精神。在确信可以在海面上自由航行后，他下令说：“打开舱盖，换换新鲜空气。”在夜晚的微风中，大家深深地呼吸着这清新的、略带咸味的空气。
田边有点担心，怕靠所剩的燃油到不了吴港。“伊-168”起航前，舰队一位军需官对他说过，他可以在中途岛被攻占之后去那里加油——日本人就是这样自信！——但这一条现在行不通了。田边只使用了两台发动机中的一台，用油箱里仅剩下的800千克燃油，熟练地把潜艇开到了吴港。他和全体官兵像英雄一样受到了欢迎。
“约克城号”令人难以置信地在海上漂了一夜。将近拂晓时分，它的舰员以及担任警戒的舰艇才真正把它放弃。驱逐舰中队司令爱德华·P.索尔海军上校看看这艘巨型航母已实在无可救药，就让各驱逐舰围聚在它的四周，向它举行了告别仪式。目睹它奄奄一息的惨景，特别令人心碎，这艘了不起的航母曾闯过无数艰难险阻，它真该活下去。
在绚丽的晨曦中，“约克城号”下沉速度越来越快。此刻，伯福德是百感交集。他回忆说：“我们的驱逐舰列队就位，注视着它沉入大海。目送这艘大型军舰安息真是个庄严肃穆、催人泪下的场面。它沉没时，各舰下半旗，全体人员脱帽肃立。说实在的，以这种方式向这艘英勇的舰艇告别是再合适不过的了。”他的语调深沉。接着他说，“但从某种意义上说，这也真他妈滑稽可笑。我们真不该在这样的仪式上浪费时间和精力。我们应该去追击那些该死的日本人！”
“约克城号”于6月7日04：58沉没。至此，第十七特混舰队大体上就解体了。弗莱彻率“阿斯托利亚号”和“波特兰号”返回珍珠港。“巴尔奇号”、“休斯号”和“莫纳汉号”在加油点被编入第十六特混舰队。巴克马斯特及其部下从“巴尔奇号”转到“格温号”，随同载着“汉曼号”幸存者的“本汉姆号”同时回国。回国后，他有一项不愉快的任务，就是汇报“约克城号”的作战情况。该舰的作战使他感到骄傲，同时也使他极为悲伤。他在报告末尾写道：
在所有这些战斗中，以及在为这些战斗进行海上训练的许多星期中，“约克城号”的战斗精神是无与伦比的。即使它已在战斗中光荣牺牲，它的战斗精神仍与世永存。我们这些有幸能在这艘英勇舰艇上服过役的人，不仅衷心希望它能永存于我们的记忆之中，而且希望能把它的舰员集中在一起，让他们操纵、管理一艘新的、最好还是以“约克城号”命名的航空母舰，用它去同敌人战斗。