到6月6日19：00，斯普鲁恩斯已完成了空中作战，可以再度全面考虑一下自己的处境了。他必须让“莫里号”和“沃登号”去“西马伦号”加油，只留了4艘驱逐舰来掩护2艘航空母舰和6艘巡洋舰。他的任务完成得很圆满，超出了最盲目乐观的人最不切实际的梦想。他明智地告诫自己说，勇敢再向前一步就是愚蠢。而他自己已达到这个临界点，于是他决定回师向东与油轮会合。
当“企业号”上的人意识到，对他们来说战斗已经结束时，全舰上下一片欢乐，正如海军上尉林赛所说：“我们的许多好朋友牺牲了。不过在战斗结束后，参战的人发现自己还活着，还能再干它一阵子，还能和伙伴们一起喝上几杯，一种欣慰感便油然而生。”舰上的主任军医一定也有同感。返航途中，他洋洋得意地把加仑波旁威士忌拿到军官餐厅。林赛说：“战争期间，人们把陈旧的海军条令抛在一边，来点人情味，看到此情此景，实在令人宽慰。”
美国还要付出最后一笔代价。6月7日埃蒙斯致函马歇尔说：
中途岛战役的第一阶段即将结束。我之所以称之为第一阶段，是因为我认为日本人完全可能卷土重来……
一段时间以来，我一直认为我们显然应该向威克岛发动一次攻击。前几天从本土来了4架LB-30飞机，此前我们的飞机都没有这么大的航程。这些飞机现在中途岛，如果条件许可，它们将于明天拂晓前攻击威克岛。我们会将结果电告你。另外，我很高兴地告诉你，廷克将军将亲自率领这次飞行。遗憾的是，我不能一同前往。
廷克的决心和埃蒙斯的支持只说明他们斗志旺盛，并不表明他们深明事理。廷克的责任远远不只是伴随4架飞机出击，他亲自出马起不了多大作用。这4架“解放者式”都配备了副油箱，各携带4颗500磅重的炸弹。它们根本没有找到目标。有3架飞机返航，但廷克乘坐的那架轰炸机消失得无影无踪。
6月6日上午，战败的日本舰队一直在向西退却。铅灰色的天空云层低垂。从海上升起的雾气像幽灵似的盘旋飘忽，弥漫在条条桅杆之间。大海本身似乎也反映了此时此刻的气氛，它“波涛汹涌，浊浪排空”，极不平静。旗舰上的山本感到头晕目眩，心里闷闷不乐，但不经过最后的努力，他不会轻易放弃诱使斯普鲁恩斯进行水面交战的希望。
“大和号”得悉“三隈号”和“最上号”身陷困境的消息后，山本下令近藤前往救援。山本刚作出决定，宇垣就开始担心这个决定是否明智。他在日记中写道：“看来敌舰队是以一两艘航母为核心，加上一批巡洋舰组成的。毋庸置疑，‘三隈号’已在劫难逃，而且其他舰艇也可能遭到厄运。不仅如此，如果发生最糟的情况，攻略部队本身怕也难保不遭危险。”
考虑到这些可能性，山本决定把主力部队全部人马拉到南面去，“以应付不测，并寻机在威克岛空中掩护的范围内歼灭敌人”。
山本和宇垣做梦也没有想到，使他们的宏大计划化为泡影的美国舰队竟然那么小。他们深信，原先集结在中途岛海域的敌航母有五六艘，其中两艘已被他们击沉。他们还认为，这支庞大的舰队中的一部分兵力正在紧紧地追击他们，而这部分兵力“至少包括1艘正规航母、2艘改装航母、几艘驱逐舰和巡洋舰”。宇垣心情不安地写道：“我们认为，这支敌舰队很可能在歼灭第七巡洋舰战队的另一半以及第八驱逐舰分队后，于明天上午紧紧追赶攻略部队，然后暂时东撤。”
宇垣认为，对日本人来说最佳方案是迫使美舰与近藤部队夜战。否则，第二天上午他们将别无他择，只好以主力部队轻率地向敌人发起攻击，并随时驱散来犯的敌机，同时，日本人还试图利用每一架可以利用的飞机，摧毁敌航空母舰的甲板，炸坏它们的发动机。当然，如果美国人进入威克岛范围之内，日本方面将会有更有利的机会。但宇垣不相信他的对手会让他如愿以偿。这一点他全然没有错，因为深谋远虑的斯普鲁恩斯从一开始就下决心避开威克岛的攻击圈。
山本还是决定冒险打这最后一场大仗。宇垣忧心忡忡地写道：“这需要下特别大的决心，因为一旦行动出了偏差，整个联合舰队就将万劫不复。”必要的命令均于6月6日15：00发出，舰队照此执行直至翌日晨。可是7日晨的空中搜索未发现敌人踪迹，所以只好放弃了这项以主力部队冒险进行全面较量的计划。
但山本不愿就此退出战斗，决定作一次捕捉美特混舰队的最后努力。他仓促组建了一支“诱饵部队”。它由“羽黑号”和“妙高号”巡洋舰以及第四驱逐舰战队的9艘舰组成，第五巡洋舰战队司令官高木武雄中将担任指挥。这支部队将以无线电发送虚假信息，诱使美国人进入威克岛东北海域，使之处于岛上航空兵以及潜伏在那里的潜艇的攻击之下。
高木和他的参谋长长泽浩海军大佐对这个计划都并不乐观，因为他们认为，不等潜艇或威克岛的飞机发现美航空母舰，美舰载机就可能发现这支诱饵部队并向它发起攻击。事实上，高木部队一直也没有发现敌人，6月13日它就解散了。
尽管如此，日本的厄运并未就此了结。7日午夜，“矶波号”驱逐舰以两次转动30°的方式向右舷转60°时，它的右舷舰首撞在“浦波号”左舷中部，把它的烟囱撞坏了，使它的锅炉功能受到影响，但它仍能以24节的航速行驶。可是“矶波号”右舷舰首被撞掉了几英尺，速度下降到11节。宇垣大为恼火，因为他曾经多次告诫过，要驱逐舰进行这类机动时必须小心。
那天有件小事终于弄清了。宇垣写道：“据了解，司令长官的胃痛是蛔虫引起的。驱虫药治好了他的病，我们都很高兴。”
然而，这种高兴之中夹杂着深深的窘困。那天07：00左右，山本登上舰桥时，参谋人员尴尬地、慢吞吞地跟着他，心中都很惭愧，不敢正视他。他们并不是为将军感到惭愧，而是为联合舰队给他丢了脸而感到无地自容。
紧张的气氛持续了一阵子，谁也没有说话，还是山本打破了沉寂。他乌黑的眼睛直勾勾地看着忠心耿耿、因失败而背着沉重包袱的黑岛。“黑岛，”他若有所思地说，“潜艇搜索干得不好，这是个大错误。”这一实事求是的评论使气氛得到缓和。他的看法表明，中途岛之战已成历史，从中可以吸取不少教训。他们所爱戴的将军恢复了常态。
9日，山本命令“长良号”向“大和号”靠拢，他要召集第一航空舰队的主要参谋人员到舰上来开会。这几位代表是草鹿、舰队书记官大石，当然还有源田。山本面临的紧迫问题是如何重建一支航母部队。在这几位代表到达前，山本把宇垣、黑岛、渡边、佐佐木和有马召集在一起。他知道，“大和号”的退却宣告了中途岛战役行动的失败。他也知道，参谋们已得出了某些不利于第一航空舰队及其高级军官的结论。所以他指示这几个人不要提出这些批评意见。他断然下令：“决不允许对我的参谋班子以外的人说潜艇部队和第一航空舰队要对中途岛战败负责。责任在我。”
黑岛对草鹿一直意见特别大，山本专门叮嘱这个容易激动的亲信，又说了一句：“不要责怪南云和草鹿。失败的责任在我。”
从“长良号”上过来的4个代表身上还穿着厚厚的冬服，长期鏖战之后他们都显得精疲力竭。草鹿拄着根手杖，而书记官的军服已破烂不堪。根据宇垣的回忆，代表们所说的第一句话的大意是：“除了彻底请罪，我不知该说什么。”他又不快地加了一句，“当然，他们应该这么做。”
代表们走进山本的舱室。草鹿作了长篇发言，谈了他自己对这次灾难性失败的原因的看法。他讲了6个基本点：（1）由于会合有困难，不得不在战斗打响前就打破了无线电静默；（2）搜索飞机在折返前未能发现敌人；（3）准备第二波攻击时，由于回收飞机造成了混乱局面；（4）轰炸机由于换装鱼雷而耽误了时间；（5）等候第一波战斗机返航又造成了耽搁；（6）航空母舰过于集中造成了许多不利。
宇垣把这6条都仔细地记在日记中，每条下面都写了应该吸取的教训。实际上，这些人离画面太近，无法看清这幅画的全貌。草鹿所列举的只限于南云部队的活动，这正是他这个人的特点。
宇垣写道：“总而言之，我们只能得出这样的结论，这次战败的主要原因是：我们因过去的胜利而变得骄傲自满，没有研究在我方发动集中攻击时万一侧翼出现敌航空兵力该怎么办——我对此一直非常担心，而且曾反复提醒他们要注意。”
草鹿像以往一样直截了当地作了汇报，既没有怨天尤人，也没有寻找借口。他怀着一片赤诚之心强调说，明智的办法是向日本国民说明真情。他像一个战斗员向另一个战斗员那样，向山本提出了个人的请求。
他郑重其事地说：“南云长官和我对这次战败负有重大责任。对此，我们心甘情愿地接受任何惩处。但我希望你给我们一点特别关照，以使我俩能像以前那样有机会在前线还清这笔旧账。”
没有谁能说出比这更光明磊落的话来。山本热泪盈眶，只能说：“行啊。”
过了一会儿，宇垣对草鹿说：“我们联合舰队司令部意识到自身的错误，我们因此而对第一航空舰队深表歉意。但目前这个挫折根本没有使我们悲观。”他很有气魄地继续说，“我们还打算再次进行中途岛作战，同时进行南方作战。当务之急是给北方提供足够的力量，以对付敌人可能在那里的活动，以期寻机报仇雪恨。”他强调说，“如何恢复舰队的空中力量是当务之急。所以请你们过来共商大计。”
草鹿仍在为一个微妙的问题而伤脑筋，他解释说，在第一航空舰队司令部从烈火熊熊的“赤城号”向“长良号”转移时，南云执意不去。草鹿劝他说，只要第一航空舰队还有一个人活着，他南云就有责任把仗打下去。尽管如此，实际上南云是被参谋们从“赤城号”上硬拖下来的。草鹿说：“我们损失了全部4艘航空母舰、1名战队司令、3名舰长，思前想后我自己也很痛苦。”
宇垣仔细地听着，并不断安慰他。大约16：00，他把草鹿一行送回“长良号”，送了每人一点小礼品，表示没有伤感情，还有两千日元作为日常费用。他们这次小小的碰头会的真实含义，宇垣完全了解。这从他的日记中可以看得很清楚。
他写道：“遭到如此沉重的打击，大家无不肝肠寸断。怎样对待自己的生命当然是个人的事，负有较大责任的人更是如此。参谋长以及职务更高的人所负的责任和普通参谋所负的责任是大不相同的。我是在前线的战斗人员，遇到这种情况该怎么办，我的决心早已下定了。”他又带点自得地继续写道，“我左思右想，不禁对他起了恻隐之心。在冷静达观和武士道精神这两者之间，决不能作出错误的选择。”
这一行人回到“长良号”时，已不像早晨离开时那么沮丧。源田找到渊田，把在“大和号”上开会的事告诉了他。源田不喜欢拐弯抹角，他告诉渊田说草鹿曾问山本，南云战败难道不该以自杀谢罪吗？对此，山本强调指出：“不，不怪南云，我负全部责任。如果说有人要为中途岛战败剖腹自杀的话，应该是我。”
草鹿回“长良号”巡洋舰后，该舰立即加速，超过“大和号”。它受命直驶吴港，为的是让第一航空舰队的参谋人员，尤其是源田，能立即着手制定重建部队的计划。眼看着就要回国了，水兵们情绪高涨。但令他们大失所望的是，到了吴港，他们就被隔离了。不准他们上岸，也不准与舰外任何人接触，甚至连舰长也不例外。只有司令部里因工作需要的参谋才能进出。舰员们只好留在舰上，望着岸上的灯火而兴叹。不久，在“雾岛号”上设立了第一航空舰队临时司令部。
在北方阿留申群岛的中泽佑海军大佐发现，官方已制定了一项政策，尽可能地把中途岛惨败的损失说得小一点。6月10日，他接到海军军令部副总长和副海军大臣的一项通知：“兹决定公布中途岛海战中我方损失如下：1艘航空母舰损失，1艘航空母舰受重创，1艘巡洋舰受重创，35架飞机未能返回。”265天后，宇垣对此又作了补充通知：“除大本营公布的情况外，在海军内外不许透露有关中途岛和阿留申战役的任何情况。在海军内部将公布‘加贺号’已损失，‘苍龙号’和‘三隈号’遭重创，但这几艘舰的名字将不对外公布。”
草鹿发现政府没有像他所忠告的那样把中途岛战役的真相告诉国民，他非常失望，也非常反感。他懂得保持国内斗志的必要性，但他认为要取得战争胜利，全国都必须认真对待这场战争。为此目的，人民必须了解战争的进展情况，他们不仅可以分享部队胜利的欢乐，也应当分担部队的忧愁。可是官方报刊却吹嘘这次战斗取得了重大胜利。在所有战况报道之前，都要播放庆祝胜利时的传统乐曲《战列舰进行曲》。
6月11日，官方的《日本时报与广告报》刊登了一幅奇怪的图画，画着一艘美国航空母舰遭日机攻击、正在下沉的情景。图画上方的解说词是：海军再次取得划时代的胜利。画面的下方有一段热情奔放的文字，开头几行是：
美国企图以舰载机对日本进行游击战之全部希望已成泡影。强大的帝国海军又击沉了美国2艘大型战舰。这一划时代的胜利是于6月4-7日奇袭阿留申群岛的荷兰港以及中途岛时取得的。战争开始时，美国有7艘航空母舰，现在只剩了2艘……
6月15日，帝国大本营发表补充战报说：“先前所公布的奇袭中途岛的战绩中，还应加上1艘美‘旧金山’级A级巡洋舰和1艘潜艇……”所谓“先前公布”的战绩是指2艘“企业”级航空母舰和1艘驱逐舰。
众所周知，当时对战果的估计都很不确切。相比之下，日本人声称的给美军所造成的损失也不算太出格。我们知道，南云的战报是准备给日本人看的，而且只是少数几个日本人。从战报中可以看出，他的确相信日方飞机击沉了2艘美航空母舰。把驱逐舰说成巡洋舰，再加上1艘潜艇，也不怎么离谱。
真正的弄虚作假表现在有关日本所受损失的报道上。当然，官方公报着重强调了北方行动的胜利，对于失利的一面则含糊其辞。6月11日，一位名叫伊藤正德的文职海军问题专家发表了一篇广播讲话。次日芝加哥《每日论坛》引用了他的讲话：“鉴于中途岛战役的辉煌战果，我们不应因损失2艘航空母舰而垂头丧气，因为我们的所得大大地超过了所失。”除了参战者和某些处于关键岗位不可能不了解情况的军官，日本海军对真相的了解的确并不比每天急切地翻阅报纸的日本普通民众多。
为了对伤亡程度保密，日本政府采取了令人吃惊的极端措施。“长良号”驶离吴港，于6月15日抵达柱岛。渊田和大约500名伤员被转移到医院船“冰川丸”上。“冰川丸”于夜色中悄悄驶入横须贺，在一个不引人注目的码头靠了岸，然后，沿着一条由海上警察严密警戒的道路把伤员秘密地送到基地医院。他们被分在两幢楼里，不许人来探望，连妻子也不行，不许接打电话，也不准书信来往。日本海军实际已给他们打上了“绝密”印戳，把他们当作“绝密件”妥加保管了。渊田愤懑地想，我们简直像在拘留营里。在这种严密控制之下，士气低落到零点。
在这种严密控制下，性格外向的渊田极为痛苦。他的伤虽痛，而且愈合很慢，但已经局部化了，而且膝盖以上的感觉挺好。他讲究实事求是。此刻他心里很不痛快。敌人是了解真相的，会迫不及待地将它公诸于世，所以为什么要掩盖事实真相呢？海军大本营应承认损失了连同舰载机在内的4艘航空母舰，以此证明政府相信民众的勇气和决心。渊田非常担心，日本海军正在它自己和国民之间筑起一道不信任的高墙。
与此同时，美国在这次战役之后也面临舆论危机。檀香山《明星公报》兴冲冲地问：“他们想了解‘美国太平洋舰队在哪里’，不是吗？尼米兹上将知道答案，中途岛之战已经给了答案。”12：45，在中途岛战绩，日舰被击沉的黑体大字标题下发表了尼米兹的一号战报：
在中途岛海域，我们武装部队的各路官兵技术高超，忠于职守。巨大胜利，指日可待。公民们现在可为之而欢欣鼓舞了。
就在半年前的一个星期天，日本人破坏了和平，公然向我瓦胡岛的舰队和陆军设施进行突然袭击……
珍珠港之仇部分已报。不彻底打垮日本海军，此仇还不能算全报。
在这方面我们已取得重大进展。
接着，他又来了一句文绉绉的双关语：“如果我们说我们大体已在到达目标的中途，也许我们就能得到谅解。”
可是没过多久，就产生了误解和混乱。原因是先回到瓦胡岛的陆军航空兵美滋滋地过早宣布了自己的战绩，而这时海军航空兵尚未到港，无法提出自己的战绩报告以供记录在案。
“外间盛传陆军打赢了中途岛这一仗。”这是VF-6的非正式飞行日志上简单扼要地记着的一句话。的确，任何读了6月12日檀香山报纸的人都会认为海军在这次战役中只起到侦察的作用，不过，这也情有可原。斯威尼上校对记者说：“我们从来就不需要去寻找敌人，因为海军飞机早已发现了日本机动部队的确切位置。”他这番话的意思无疑是慷慨大度的，但它也像一把双刃剑。根据记者鲍勃·特朗布尔的报道，“投弹的那些陆军飞机的驾驶员们报告说，他们击中了3艘航空母舰、1艘巡洋舰、1艘大型舰艇（可能是巡洋舰或是战列舰）、1艘驱逐舰和1艘大型运输舰。这还不是完全的报告”。
埃蒙斯的一位参谋后来说，“埃蒙斯也像尼米兹一样，为海军而自豪”，而且“对航空兵上报的战果大为光火”。他在致马歇尔的信中总结了截至当时为止的战果，但并没有流露这种恼怒情绪。他把自己飞行员的战果开列如下：
B-262枚鱼雷命中航母。
炸弹重创1艘航母，可能还炸伤1艘。
击伤战列舰3艘，重创其中1艘。
击沉巡洋舰1艘。
击伤重巡洋舰1艘。
重创驱逐舰1艘，该舰可能已沉没。
击伤运输舰2艘（1艘据说为“诺曼底”级）——起火。
2颗炸弹击中1艘起火的航空母舰。
埃蒙斯夸耀参战部队是“满载着荣誉”。他接着说：
说心里话，我认为，如果海军不能确信会得到陆基航空兵的支援，它是不会以3艘航母冒险与拥有4艘或5艘航母的优势之敌对阵的。如果海军没有以航母来冒险，那我们也许不会取得如此巨大的胜利，反而可能遭到失败。
《纽约时报》6月9日的一篇社论说：“就我们目前所知，中途岛海战中日本舰队的主要损失是我陆基机造成的。这次战役表明，一支高度戒备、训练有素、勇敢善战并有足够兵力的陆基航空兵能怎样对付来自海上的敌海军及海军航空兵力的进攻……”
华盛顿的高级领导层也夸大了陆军航空队的能力。这其实不足为怪。早在6月5日，史汀生就写道：“太平洋上正进行着一场大规模的战役。很显然，美国部队，主要是陆基航空兵部队，对日本人实施了突然袭击，并取得胜利……”助理国务卿阿道夫·A.伯利在一份有关当时事态的备忘录中说：
……我们打垮了意大利舰队之残部，这是事实，但舰队并不起多大作用。管用的是陆基飞机。
与此同时，或者说几乎同时，日本开始大举进攻中途岛，可能还计划向西对付夏威夷。我陆基机迎头痛击两路来犯之敌，给了敌人以毁灭性打击。我认为，在夏威夷与马绍尔群岛之间的太平洋是太平的。
6月6日，史汀生得意地写道，太平洋上的事态似乎已被“我完全控制住……这样，我们就可以将紧急增援西海岸的部队调回，遣返从‘勃勒罗’行动中调出的各部队……”“勃勒罗”是行动代号，指的是为以法国为主攻方向的作战计划所作的准备工作。这就是后来名垂史册的“霸王行动”。陆军部愿意从“勃勒罗”行动中抽调兵力增援西海岸，有力地证明在对付日本这一威胁时，陆军部是何其认真。史汀生洋洋自得地继续写道：
我大型轰炸机在战斗中起了决定性作用。他们的攻击技术娴熟，击伤敌主力舰艇多艘。这标志着对高空轰炸的看法有了重大变化。海军将航空母舰投入战斗。他们面对的是数量上占优势的敌航母部队，日子很不好过。不过，他们干成了……埃蒙斯源源不断地把这些大型轰炸机从夏威夷派往中途岛参战，最后终于将敌人击退。
当海军航空兵飞行员到瓦胡岛汇报时，由一面之词造成的局面才开始得到扭转。但尼米兹极力主张陆海军友好合作，并没有推翻陆军方面的说法，只作了适当的修改。所以在公众的心目中，中途岛战役的胜利主要是陆军的胜利，直到战后，有了审讯日本人的记录以及日方档案，这种印象才得到改变。
美方的战绩有所夸大，但并非有意弄虚作假，而是确系出了误差。不过，政府在谈到美方损失时，对公众并没有完全坦言相告。虽然7月15日海军公布说“汉曼号”已损失，“约克城号”“失去了战斗力”，直到9月美国才公开承认“约克城号”已损失。
长期以来美国人听到的都是坏消息，所以听到好消息的时候，他们似乎不敢相信。早在6月6日，西海岸的公众就有某种预感：在某个地方，正在发生某些重大事件：
昨天，在旧金山，显然还包括美国其他地区，一些捕风捉影、毫无根据的谣言在蔓延。这些谣言成了餐馆、酒楼和办公室里人们窃窃私语的谈资，在不断传播与扩散。
你可以听到以下一些谣传：
1.珍珠港正遭轰炸。
2.华盛顿特区正遭轰炸。
3.普吉特海峡正遭轰炸。
4.西雅图正遭轰炸。
你可以无限制地加上其他地名，只要这个地方距东、西海岸线300英里之内就行。战争的紧张情绪蔓延到了华盛顿。马萨诸塞州议员麦考马克在众议院说，他听到广播中说“珍珠港正遭到攻击”。一位海军发言人断然否认。……在旧金山，谣言制造厂也转入了战时生产状态。大约中午时分，又传说闹市区一家银行从西雅图分行的电传中获悉，西雅图正在遭到空袭……
随着交战的地点和性质的公开化，并非每家报纸都欢欣雀跃。《华盛顿邮报》一则大标题告诫说：“专家们说，日本人仍有发动海上攻势的手段。”该报说，“华府的专家们认为，这归根结底说明，虽然美国在中太平洋的胜利使美国在通向最后胜利的道路上前进了一大步，但它终究还没有胜券在握。”
著名军事分析家汉森·W.鲍德温小心谨慎地写道：“我们是打了一个胜仗，但我们还没有到达马尼拉湾或对马海峡。”他认为日本人之所以突然袭击不成功，是因为美国的无线电监听以及“陆基侦察机，也许还有陆军轰炸机”。
6月7日芝加哥《每日论坛》的一则报道，确实使海军方面吃惊不浅。这则报道的标题本身就是对保密工作的一个致命打击：海军知道日本海上进攻计划，知道进攻荷兰港系佯攻。这则报道继续说：
据海军情报部门可靠人士今晚在此间透露，在中途岛以西某海域，美日海军正在进行一场据信是此次战争中最大规模的海战。在战役开始前若干天，美海军方面就已掌握了日本参战部队的情况。
据称，这支强大的日本部队从基地出发集结后不久，美海军就获得了情报。海军部门虽然对敌人的意图还不太清楚，但他们掌握的情报如此确凿，以致能预言日军会佯攻某一美国基地，而实际意在进攻另一美国基地并占领之。有人甚至猜测说，荷兰港和中途岛可能是攻击目标……
该报道接着列举了日参战部队的番号，其精确程度令人惊诧不已。《每日论坛报》并没有说美国已破译了日本密码，但稍有海军常识的人都能看出言外之意，听出弦外之音。
写这篇报道的记者斯坦利·约翰斯顿一直随“列克星敦号”在珊瑚海。在他乘“切斯特号”巡洋舰返回圣地亚哥的途中，一位海军军官极不慎重地给他看了尼米兹的一份文件。该文件是关于日军动向及其兵力编成的情报估计。对这一泄密事件美方进行了调查，但没有公开审讯。人们普遍认为，日本人没有掌握这次泄密事件的情况。他们还在继续使用JN25密码，只作了周期性变动。1942年8月1日他们作了一次重大变动，这也许是巧合，也许不是。
日本人使用密码，往往会超出安全限度。这使山本只有不到一年的阳寿了。美国人通过无线电侦听，确切地掌握了山本将飞离拉包尔的情报。1943年4月18日，山本在布干维尔上空被击落。
他实践了对草鹿许下的诺言。南云和草鹿继续在军队服役，并对日本作了有价值的贡献。后来南云死在塞班岛，也许是自杀。草鹿在战后还活了许多年。源田也同样幸存下来。在组建日本航空自卫队时，他再次穿上军服，晋升为中将。退休后他当选为上议院议员。他的好友渊田，战争中多次担任重要的航空参谋职务，几年后皈依了基督教，成了福音传教士。他在美国旅行期间会见了他极其尊敬的尼米兹和斯普鲁恩斯等海军将领。
为了赢得太平洋战争的胜利，尼米兹尽了一个美国人最大的努力，战争结束后，他则致力于在美国与日本之间建立友谊的纽带。他是归还东乡平八郎海军大将的旗舰“三笠号”的主要促成者。在这艘令人崇敬的老式战列舰附近，日本人种了一株“尼米兹”树以表示对他的谢意。
尼米兹是个天才的海军将领。他同时使用了斯普鲁恩斯和哈尔西这两个性格截然不同的人，让他们轮流担任同一个舰队的司令。哈尔西当司令时，舰队称第三舰队，斯普鲁恩斯在陆上计划下一步行动。斯普鲁恩斯接手时，舰队称第五舰队，哈尔西在岸上分析形势，制定计划。这样轮流交替一直到战争胜利。
中途岛战役的胜利并没有使人人都交上好运。不出3个月，弗莱彻的两艘航母遭到重创。8月24日，“企业号”在东所罗门群岛受重伤。8月31日，“萨拉托加号”在这一年中第二次中了鱼雷，不过好歹还能返回珍珠港进行修理。这次袭击中，弗莱彻受轻伤，此后没再担任海上指挥官。是因为他经常运气不佳，还是因为他不适合担任航母指挥官，这个问题还没有答案。不过不管答案是什么，他可以说：“在中途岛海战中我是一名指挥官。”对于一名海军军人来说，这就够了。